对保密协议有争议的，劳动者可以申请劳动仲裁的，而会不会仲裁无效，依据具体的情况而定。

保密协议应如何签订

我国《劳动法》第22条规定：劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项，这是劳动领域中订立保密协议的法律依据。我国《劳动合同法》第二十三条规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。据此，用人单位与员工既可在劳动合同中约定保密条款，也可以订立专门的保密协议。但无论选择何种方式，需注意以下事项：

1、采取书面的形式。虽然《劳动法》和《劳动合同法》都没有规定保密协议应采取书面形式，但从规定和举证的角度还是建议劳动关系双方采纳书面形式，以便发生纠纷时更易解决。

2、遵循公平原则。《合同法》第5条规定：当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。保密协议跟其他协议一样，首先必须遵循公平、平等的原则，才具有法律效力。合理的确定保密义务的主体、范围、期限等内容。

3、明确保密范围。根据劳动合同法的规定，保密的对象为商业秘密和知识产权有关的保密事项。所谓商业秘密，是指有商业价值，且在一定时间和范围内在经济交往过程中不能公开或不能披露的，能给企事业单位带来经济利益，并采取了保密措施的信息和技术。商业秘密在不同的时间和区域有不同的标准，在一地一个单位是秘密，在另一地方可能就不是秘密。故在约定保密内容时，务必把需要保密的对象明确下来。

4、明确保密期限。虽然保守公司商业秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此最好还是约定保密义务的起止时间。注意，保密主体在用人单位授权、司法调查或用于个人学习研究等特殊情况下泄露保密内容，不视为违约。

5、不得约定违约金。根据《劳动合同法》的规定，保密协议不得约定违约金。对于违反保密系以的行为只能要求责任人赔偿损失，而不得约定违约金，否则约定无效。原劳动部《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》规定，职工违反保密协议造成用人单位损失的，应当按《反不正当竞争法》第20条的规定支付用人单位赔偿费用，即经营者违反本法规定，给被侵害的经营者造成损害的，应当承担损害赔偿责任，被侵害的经营者的损失难以计算的，赔偿额为侵权期间因侵权所获得的利润;并应当承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。被侵害的经营者的合法权益受到不正当竞争行为损害的，可以向人民法院提起诉讼。