要想保证在网上进行交易的安全性，首先要确保网上交易的载体——计算机网络的安全以及用户机终端的安全。有了计算机网络才有了电子商务交易，如果计算机网络不安全，可想而知我们在网上的交易肯定不安全。计算机网络安全的内容包括：计算机网络设备的安全、网络系统安全、数据库安全等。同时用户机终端的安全也会影响网上交易的顺利进行，如客户机上操作系统的漏洞、被植入木马、用户的不良使用习惯等。

上述两种安全问题不仅仅只存在于电子商务交易中，即使用户不使用计算机网络进行交易，而是进行普通的上网活动，也会受到这两种安全问题的威胁。由于非交易型的上网活动没有与金钱直接挂钩，用户如果碰到了这两种安全问题，受到的损失相对来说会小一些。

网上支付的安全除了上述两种安全问题外，还包括将传统的买卖交易搬到网上以后失去的一些在传统交易中不用考虑的安全性，包括以下几个方面：

(1)身份真实性。也称商务对象的认证性，传统的商务交易因为双方可以在见面后通过观察而不用担心身份的真实性，但网上交易的双方相隔甚远，互不了解，支付方不知道商家到底是谁，商家不能清晰确定银行卡等网络支付工具是否真实，以及由谁来支付和资金如何入账等。这就让一些不法商家或个人利用网络贸易的非面对面的特点进行欺诈活动有了可趁之机，所以需要为参与交易的各方提供可靠标识，使他们能正确识别对方并能互相证明身份。

(2)信息的完整性。网上交易简化了贸易过程，减少了人为的干预，同时也带来维护贸易各方商业信息的完整、统一的问题。数据输入时的意外差错或欺诈行为，可能会导致交易各方信息的差异。另外，数据传输过程中信息的丢失、信息重复或信息传送的次序差异也会导致交易各方信息的不同。假如有不法分子对支付的数据(如支付金额)进行修改而发生多支付或少支付的问题，那么势必给交易双方添加不少麻烦。

(3)不可否认性，也称不可抵赖性。在传统的商务交易中，双方可通过书面文件上的手写签名或印章来预防抵赖行为的发生，但在网上则是不可能的。因此就有可能出现这样的情况，当交易一方发现交易行为对自己不利时，可能会否认电子交易行为，这必然会损害另一方的利益。

(4)数据保密性。有关交易的各种信息，如付款人和收款人的标识、交易的内容和数量等，这些信息只能让交易的参与者知道，有时甚至要求只让参与方的部分人知道。因此网上支付就涉及到数据保密性的问题了。