依据我国相关法律的规定，公民对机关作出的违章建筑认定不服，存在争议的，可以先申请行政复议，对复议结果不服的，可提起行政诉讼，法院一般是会受理的。

《中华人民共和国行政诉讼法》

第十二条人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：

1、对行政拘留、暂扣或者吊销许可证和执照、责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、罚款、警告等行政处罚不服的；

2、对限制人身自由或者对财产的查封、扣押、冻结等行政强制措施和行政强制执行不服的；

3、申请行政许可，行政机关拒绝或者在法定期限内不予答复，或者对行政机关作出的有关行政许可的其他决定不服的；

4、对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的；

5、对征收、征用决定及其补偿决定不服的；

6、申请行政机关履行保护人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关拒绝履行或者不予答复的；

7、认为行政机关侵犯其经营自主权或者农村土地承包经营权、农村土地经营权的；

8、认为行政机关滥用行政权力排除或者限制竞争的；

9、认为行政机关违法集资、摊派费用或者违法要求履行其他义务的；

10、认为行政机关没有依法支付抚恤金、最低生活保障待遇或者社会保险待遇的；

11、认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的；

12、认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的。

除前款规定外，人民法院受理法律、法规规定可以提起诉讼的其他行政案件。

一、违章建筑不拆除的条件是什么？

1、影响建筑物和建构物主体结构安全的。

2、现有技术条件无法实施拆除的。

3、拆除后可能对公共利益造成重大损害的。

4、通过改正或补办手续，由违章建筑变成合法建筑的，所涉建筑可不拆除。

《中华人民共和国城乡规划法》第四十条在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。

申请办理建设工程规划许可证，应当提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料。需要建设单位编制修建性详细规划的建设项目，还应当提交修建性详细规划。对符合控制性详细规划和规划条件的，由城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府核发建设工程规划许可证。

城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府应当依法将经审定的修建性详细规划、建设工程设计方案的总平面图予以公布。

二、违章建筑强拆的法律程序有哪些？

违章建筑强拆的法律程序：

1、立案；

2、调查程序，调查人员不得少于2个人并要主动出示执法证件，在被询问以及在签署笔录时要谨慎；

3、决定程序，同时履行告知，听取陈述、申辩；

4、处罚决定书的送达和执行。

《行政处罚法》第三十一条行政机关在作出行政处罚决定之前，应当告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。第三十六条除本法第三十三条规定的可以当场作出的行政处罚外，行政机关发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据；必要时，依照法律、法规的规定，可以进行检查。《行政强制法》第四十四条对违法的建筑物、构筑物、设施等需要强制拆除的，应当由行政机关予以公告，限期当事人自行拆除。当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不拆除的，行政机关可以依法强制拆除。