根据我国有关法律的规定，工资支付证明书和记录是证明劳动关系的重要证据，如果公司代理工资有支付证明书，可以申请认定劳动关系。《关于确立劳动关系事项的通知》规定，使用者未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时，可以参考以下证明书（1）工资支付证明书或记录（员工工资支付名单），缴纳各社会保险费的记录（2）使用者向劳动者发行的工作证明书、服务证明书等可以证明身份的证明书（3）劳动者填写的使用者招聘登记表、申请表等招聘记录（4）工作记录（5）其他劳动者的证明书等。其中，（1）、（3）、（4）项的相关证明书由使用者承担举证责任。

李某与哪个公司存在劳动关系？

1、李某入职时，是A公司录用的，工作证、通讯录、工作单均是A公司的，工作地点挂的也是A公司名称的牌子，李某也一直认为自己是为A公司工作，是A公司的员工；2、虽然李某最初告A公司时，A公司否认李某是其员工，但当李某与A公司、B公司三方在一起调解时，B公司称李某是A公司员工，A公司也认可；3、工资关系是确认劳动关系的最有力证据，而李某的工资又是A公司发放；4、虽然最后B公司自认李某是其员工，并且社保也是B公司缴纳，但自认和社保关系都不是确认劳动关系的最有力证据，实际中，有可能A、B两个公司串通，由没有偿债能力的公司承担法律责任，最终达到逃避责任的目的。

本人同意第二种观点，李某与A公司存在劳动关系。根据劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发［2005］12号）第一条的规定，用人单位招用劳动者未签订劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：（一）用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；（二）用人单位依法制定的各项规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；（三）劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。

本案中，李某和A公司符合法律、法规规定的主体资格；李某入职时，是A公司录用的，工作证、通讯录、工作单均是A公司的，工作地点挂的是A公司名称的牌子，工资也是A公司支付，即李某工作中遵守的是A公司的规章制度，受A公司的劳动管理，从事A公司安排的有报酬的劳动，提供的劳动是A公司业务的组成部分。

综合本案事实和证据可知，李某应与A公司存在劳动关系。

《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》第二条

用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：

（一）工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；

（二）用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；

（三）劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”“报名表”等招用记录；

（四）考勤记录；

（五）其他劳动者的证言等。

其中，（一）、（三）、（四）项的有关凭证由用人单位负举证责任。