一、产权性质不同

房产证是购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。即《房屋所有权证》，是国家依法保护房屋所有权的合法凭证。

集体土地使用证是集体土地所有人依法对集体土地享有占有、收益和处分权利的合法凭证。

二、所有权主体不同

1、房产证是对特定房屋所有权归属的书面证明，并可记载特定房屋共有状况以及是否设定担保物权等状况。基于一物一权主义，房产证以一房屋一房产证为原则，即一个具有独立建筑结构与使用功能的房屋(包括区分所有的房屋)只有一个所有权，在不动产登记上只能有一项所有权登记，并且据此只能发放一个房产证。

房产证只能向特定房屋的所有权人发放，如房屋系共有，在房屋所有权证之外，还可向共有权人发放共有权证。

2、凡是土地家庭联产承包中未打破村民小组(原生产队)界线，不论是以村的名义还是以组的名义与农户签订承包合同，土地应确认给村民小组农民集体所有。

能够证明土地已经属于乡(镇)农民集体所有的，土地所有权应依法确认给乡(镇)农民集体。没有乡(镇)农民集体经济组织的，乡(镇)集体土地所有权由乡(镇)政府代管。

不能证明属于乡(镇)农民集体所有或村民小组农民集体所有的集体土地，应依法确认给村农民集体所有。土地所有权主体以“хх村(组、乡)农民集体”表示。

三、证件作用不同

1、房产证主要在房屋登记事务范畴中发挥作用，并且主要是为了保证登记活动的秩序与安全。房产证首先起到登记行为完成的证明作用。登记机关在完成房屋登记事务后，将房产证发放给权利人，表明登记机关已经根据事实、法律和当事人的申请，完成了相应的房屋登记。由于房产证记载的内容与登记簿的内容具有一致性，因此，房产证起到一种备忘的作用。权利人可以根据自己持有的房产证内容，掌握自己的财产情况，而不必每每去查阅登记簿。房产证最重要的作用还是保证登记活动的安全。因为房屋的权属情况依据不动产登记簿的记载，而登记簿由登记机关记载并且由该机关保管，并不在权利人的控制之下，如果登记机关或者其工作人员，擅自更改登记簿的内容，权利人就面临失权的危险。为了防止此种情况的发生，登记机关在进行了房屋登记之后，有必要再向权利人发放房产证，其上记载与登记簿相同的内容。如果事后发现登记簿的记载有与房产证相异之处，权利人可以房产证的记载对抗登记机关，要求登记机关恢复原记载并承担责任。所以，在以登记作为不动产权利公示方法的制度体系中，房产证的主要功用是在约束登记机关的行为，发放房产证是保证登记安全的重要措施。

2、集体土地使用证也是国家保护的土地使用权证书，持有人有使用和收益等权益。