弊端有如:一是被害人没有管辖异议权，实体权利容易受损。例如，被告人抢劫了被害人的巨额财产并导致被害人重伤，在此情况下，应由中级法院进行管辖。假如此时基层法院进行了管辖，则可能使被告人获得比较低的量刑，那么对被害人来说是极为不公平的，被害人在这种情况下完全可以提出管辖权异议。二是犯罪嫌疑人和被告人没有管辖异议权不能很好地息诉服判。虽然在立法上规定，刑事诉讼当事人是作为刑事诉讼的主体参与到诉讼过程中来，但是在实践中，由于无论是办案人员还是一般民众都容易对犯罪行为持一种仇视心态，本能地将犯罪嫌疑人、被告人作为被追究的对象来看待，认为其就应该老实坦白认罪、接受惩罚。管辖权异议制度作为当事人诉权的扩张，很难有发展空间。但是对犯罪嫌疑人来说，对司法机关的管辖权提出异议，使司法机关对其的不当追诉失去法律效力，排除司法机关不当追诉的实际危害和潜在危险，是当事人行使防御、辩护权的主要方式之一。更重要的是，赋予当事人提出管辖权异议的权利，有助于当事人息诉服判，接受法院的裁判。如果当事人对法院的管辖权有异议而无救济途径，那么很有可能导致当事人的上诉和申诉，反复地申请再审，从而变相地浪费了司法资源。

我国目前的刑事诉讼法不赋予当事人管辖异议权，是对当事人诉权的不尊重，损害了当事人的合法权益，有违程序公正的理念。之所以出现这个现象，无外乎以下几个原因:首先，重打击犯罪，轻保障人权。其次，重实体、轻程序的思想导致对当事人诉权的保护意识不到位。没有意识到建立管辖权异议制度的真正作用在于从程序上赋予当事人积极的防御权，从而实现对公权力的制约，达到控辩平衡。

在刑事诉讼中，当事人所享有的管辖权异议的权利应为一项重要的救济性程序权利，它是当事人刑事诉讼诉权的体现，是获得公平审判权利的重要保障，有助于法院裁判权的确定和实现，有助于当事人诉讼权利的保护和诉讼地位的提高，也有助于当事人对刑事诉讼的实际参与和对刑事程序施加自身的影响。

我国刑事诉讼法应明确规定当事人有权对侦查管辖异议提出申请。当事人提出侦查管辖异议申请的，侦查机关应当用决定书认可管辖权异议或依法决定移送案件，或用决定书驳回异议。对决定不服的，可以要求复议一次，意见不被接受的还可以向上一级侦查机关要求复核。但复议和复核期间，侦查机关不停止侦查活动的进行。