对于不同的行政机关他们共同的上一级机关也有所不同，一般有以下几种情况：

第一，如果争议各方是同一政府所属的两个以上工作部门，行使指定管辖权的机关就是本级人民政府，如：县工商局和县物价局之间发生行政处罚管辖权争议，指定管辖机关就应该是该县人民政府。

第二，如果争议各方是不同级政府所属的两个以上工作部门，则需要具体问题具体分析，如果这两个以上部门都隶属于同一个行政主管部门，就由这个行政主管部门指定即可，如：同一个省的一市一县工商局对一违法案件发生争议就应当由省工商局指定管辖；如果两个以上的部门不属于同一个行政主管部门，则应当由他们共同的上级人民政府指定，如：同一个省一个市的交通局和另一个市的公安局发生行政管辖争议，应当由省级人民政府作出指定管辖决定。

第三，如果争议各方是两个以上人民政府，如：同一个市所属的两个县政府对行政处罚管辖发生争议，这个市人民政府就可以对该行政处罚案件作出指定管辖决定。还需要指出的是，根据法律规定作出指定管辖的机关是发生管辖权争议机关的共同的上一级行政机关，因此，必须注意这里规定的“上一级”机关和上级机关是有所不同的，“上一级”机关是要求仅高一个层级。当然依据法律的规定“共同的上一级”机关对具体的有管辖权争议的机关来说可能不是仅高一个层级的问题，在学习和掌握行政处罚法关于指定管辖的规定时，必须注意这个问题。

什么情形行政案件由上级公安机关指定管辖

1、行政案件指定管辖的情形如下：

（1）对管辖权发生争议的，报请共同的上级公安机关指定管辖。

（2）对于重大、复杂的案件，上级公安机关可以直接办理或者指定管辖。

（3）上级公安机关直接办理或者指定管辖的，应当书面通知被指定管辖的公安机关和其他有关的公安机关。

（4）原受理案件的公安机关自收到上级公安机关书面通知之日起不再行使管辖权，并立即将案卷材料移送被指定管辖的公安机关或者办理的上级公安机关，及时书面通知当事人。

2、法律依据：《公安机关办理行政案件程序规定》第十五条