1、《中华人民共和国个人所得税法》第十二条纳税人取得利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，按月或者按次计算个人所得税，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款。

2、国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告第六条规定：扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关。被投资企业应当详细记录股东持有本企业股权的相关成本，如实向税务机关提供与股权转让有关的信息，协助税务机关依法执行公务。

3、《中华人民共和国个人所得税法》第十条有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款。

4、国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告第十九条规定：个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地地税机关为主管税务机关。

因此，有限责任公司自然人股东转让其股权时需要缴纳个人所得税的，一般由企业在办理工商变更时进行纳税申报并在30日内代为缴纳。如存在未代为缴纳情形的，自然人股东也应就其应缴个人所得税额自行申报缴纳。

一、自然人股东转让其股权的个人所得税如何计算

1、《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条第五款第八项规定：财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。

2、《中华人民共和国个人所得税法》第三条第三款规定：利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。

3、《中华人民共和国个人所得税法》第六条第五款规定：财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。

因此，有限责任公司自然人股东转让其股权的收入应按财产转让所得缴纳个人所得税，缴纳税率为财产转让所得额的百分之二十。

计算公式为：应缴个人所得税＝应纳税所得额×20％

应纳税所得额＝财产转让收入－财产原值－转让中发生的合理费用

二、自然人股东未按期缴纳个人所得税的法律风险

1、《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条

纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。

纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。

2、《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条规定：纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。

3、《中华人民共和国刑法》第二百零一条规定：纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

因此，有限责任公司自然人股东在进行股权转让时，应积极主动的配合企业完成个人所得税的代缴事宜。如出现自行申报情形的，也应依规积极申报，避免因逾期缴纳而承受行政处罚，甚至刑事处罚。