行政许可法是继行政诉讼法、国家赔偿法、行政处罚法、行政复议法之后的又一部对行政机关的工作产生重要影响的法律。行政许可法的制定，大致可以分为三个阶段：第一阶段，基础研究与试拟征求意见稿，由全国人大常委会法工委承担。全国人大常委会法工委从1996年着手行政许可法的调研、起草工作，形成了《行政许可法(征求意见稿)》。第二阶段，国务院起草阶段。

九届全国人大常委会将行政许可法列入立法规划，确定由国务院提出法律草案，起草工作交由国务院法制办公室负责。此后，国务院法制办以征求意见稿为基础，结合清理国务院部门行政审批事项，从2000年初开始行政许可法的起草、调研、论证，就起草这部法律涉及的主要问题，征求了地方人民政府、国务院各部门、专家学者的意见。在此基础上，起草了《行政许可法(初稿)》，于2001年7月印发国务院各部门、省级人民政府及较大的市人民政府的法制工作机构和全国人大常委会法工委等单位以及专家学者征求意见;并多次召开行政许可法的论证会、研讨会，广泛听取意见。在总结实践经验，特别是在行政审批制度改革的经验的基础上，参考国外的做法，经反复研究、修改，形成了《中华人民共和国行政许可法(草案)》，于2002年7月5日由国务院提请全国人大常委会审议。

第三阶段，审议通过阶段。2003年8月，九届全国人大常委会第二十九次会议对草案进行了初步审议。会后，法制工作委员会将草案印发中央各部门、地方人大常委会、有关研究机构和法学专家征求意见。法律委员会和法制工作委员会还联合召开座谈会，邀请中央有关部门、企业事业单位和法学专家座谈征求意见。九届全国人大常委会第三十一次会议对草案进行了二次审议。草案二次审议稿在行政许可的含义和范围、行政许可的设定权和设定程序、行政许可实施程序以及行政许可的听证程序等问题上作了修改。十届全国人大常委会第三次会议对行政许可法草案进行了三审。会后，根据常委会组成人员的审议意见，法律委员会、法制工作委员会就草案三次审议稿的主要问题，同国务院法制办进行了多次研究，并召开国务院有关部门、部分地方人大常委会和部分法律专家座谈会，进一步听取意见。

2003年8月，十届全国人大常委会第四次会议进行了四审。四次审议稿对本法争论最大的问题，即对行政许可的分类问题提出了解决方案，不对行政许可加以分类，用统一的行政许可概念来规范行政许可行为。四次审议稿受到常委会组成人员的高度评价，经进一步审议修改后，交付表决。到会常委会组成人员152人，赞成票151票，弃权票1票，行政许可法以高票通过。至此，历经七年的起草、审议，行政许可法正式出台。