补充协议的效力优于主合同的效力，因为双方订立补充协议的时间发生在后，更能体现当事人的意思表示。补充协议不是格式条款，因为格式条款是事先预定为不特定人订立的，内容不可变更的合同，但补充协议是可以变更的，充分体现当事人的意思自治。

一、补充协议的效力

补充协议的效力优于主合同的效力。当补充协议的约定与主协议的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

时间在后的约定，实际上是对主协议的原约定的重新修订，该新约定是补充协议的实质内容。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充协议存在的意义。

二、补充协议是不是格式条款

补充协议不是格式条款

1.根据有关规定，格式条款必须同时符合重复使用、预先拟定、在订立合同时未与对方协商三个特点。目前在日常生活中普通存在的格式合同（条款），诸如保险单、飞机票、火车票、供水、电合同等，这些合同（条款）在订立时并不与消费者进行协商，而是基于广泛受众预先制定，反复使用的文本，具有很典型的格式合同（条款）法定属性和特征。

2.在商品房买卖过程中，为了节约双方的时间成本，也为了让购房者更全面地了解所购房屋，更充分地了解买受人的权利，开发商一般会提供合同及补充协议的框架文本给购房者参考，很多购房者是在看到开发商提供的补充协议框架文本后，才了解自己所拥有的权利，才能更充分地表达自身意愿，买卖双方在自愿平等的基础上，协商一致后再予签字确认

3.如果将补充协议认定为格式化合同，购房者的每一项主张、每一条款变更都需要向工商部门报备审批后才能获得修改，此举将大大增加行政机关的工作量和操作成本，降低了社会效率，变相剥夺和限制了购房者自由协商更改的权利，增加了商业交易的不确定性和风险。《房屋（预售）买卖合同》的补充协议不符合格式合同的法定特性，不应被认定为格式合同。

三、补充协议的效力是否及于整个合同

一般情况下，补充协议的效力应基于整个合同。补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

《中华人民共和国民法典》第五百一十条【合同没有约定或者约定不明的补救措施】合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。