股权转让是企业转让其股权的行为，其结果是从股权转让中获得收益（或损失）。根据有关规定，企业股权转让收入属于财产转让收入，股权转让收入扣除取得股权成本后的余额为股权转让收入。在确认股权转让收益的过程中，笔者认为需要重点解决以下三个问题：一、允许扣除的股权成本是企业实际支付的投资额。对此，《企业所得税法实施条例》明确，企业所有资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资性资产、存货等，均按历史成本计税。前款所称历史成本，是指企业取得资产时实际发生的支出。企业在持有资产期间增加或者减少资产价值，不得调整资产的计税基础，但按照国务院财政、税务机关的规定可以确认损益的除外。同时，《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）规定，股权成本价是指股权转让人投资股权时实际支付给中国居民企业的资本额，或者原转让人购买股权时实际支付给原转让人的股权转让金额。

需要注意的是，如果被投资企业的股权溢价发生在初始投资时并计入资本公积，则对于被投资企业的账面记录，投资成本包括“长期股权投资”和“股权溢价”，体现了资产评估的历史成本原则。这从《关于实施企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）中可以得到印证：被投资企业将股权溢价形成的资本公积转增股本的，不作为投资者企业的股息红利收入，投资者所在企业不得增加长期投资的税基。由此可见，股权溢价形成的资本公积是初始投资成本的一部分，在计算股权转让收益时也应注意这一点。第二，股权转让收入不得扣除可在被投资企业留存收益中分配的金额。对于投资企业享有的被投资企业留存收益份额能否从转让所得中扣除，原《内外资企业所得税法》有不同规定。2008年新《企业所得税法》颁布后，国家税务总局终于统一了这一问题的口径，并在国税函[2010]79号文件中明确，即在计算股权转让所得时，企业不得从被投资企业未分配利润等股东留存收益中扣除按权益可分配的金额。也就是说，在股权转让中，未经实际分配的留存收益不能作为免税收入扣除。这一结论也与国税函[2009]698号文的论点一致，即企业存在未分配利润或税后存放资金的，股权转让人将留存收益连同股权一并转让的金额，不从股权转让价款中扣除。

例如，a公司持有M公司100%股权，初始投资成本100万元，M公司留存收益（含未分配利润和盈余公积）150万元。2010年，a公司以300万元的价格将M公司100%股权转让给B公司，股权转让收益为300-100万元=200万元。