工程施工合同履约保证金的结算包括了履约保证金的返还、抵扣或没收等，是对履约保证金的最终处置。双方当事人往往在此会产生较大的争议，是施工单位最心有余悸的事项，是建设单位最想利用的筹码。所以很有必要法律对此进行明确规定，双方当事人也要在合同条款中予以细化。

(一)返还按台湾工程投标须知第七条第三款规定：履约保证金经验收合格后，一次无息返还。台湾学者及法院判例认为，系争工程尾款须俟正式验收合格并取得排放许可证后结付，履约保证金经验收合格后返还，乃系以该事实之发生为债务之清偿期。在履约保证金的返还时间上，结合我国实践，认为：

1、可以约定在工程款结算前按履约进度，分段返还：如于工程完成25%、50%、75%及验收合格时与结算后各返还15%、20%、25%等，该种方法因实际占有的履约保证金的递减而使担保力度减弱，显然对建设单位不利;

2、约定结算后一次性返还。因在施工实际中，还存在工程款的结算环节，建设单位有否多付工程款、施工单位对扣减的履约保证金是否认可等未决事项，因此，验收合格后全部履约保证金的返还条件还不成熟，应推迟至工程款结算时比较合理;

3、返还时是否包括履约保证金的孳息，完全属于当事人的意志自治范围，从合同之约定。

(二)抵扣或没收抵扣是部分而没收是针对全部履约保证金。为避免当事人对抵扣或没收发生争议，对抵扣或没收的情形的约定或法律规定非常重要，而不能单纯依现有法律对违约责任的笼统规定上。对抵扣或没收情形的约定其原则应为：合同或法律没有明文约定或规定不允许抵扣或没收的，不得抵扣或没收，应予以及时返还;其抵扣或没收的情形必须为施工单位在施工工期、质量或安全等违反合同约定，造成建设单位损失，应承担违约责任等范围。具体我们可以参考台湾政府采购法规定：机关得于招标文件中规定，厂商所缴纳之履约保证金(含孳息)，得部分或全部不发还之情形：

1、有政府采购法第50条第1项第3款至第5款情形之一，依同条第二项前段得追偿损失者，与追偿金额相等之保证金;

2、违反政府采购法第65条规定转包者，全部保证金;

3、擅自减省工料，其减省工料及所造成损失之金额，自待付契约价金扣抵仍有不足者，与该不足金额相等之保证金我;

4、因可归责于厂商之事由，致部分终止或解除契约者，依该部分所占契约金额比率计算之保证金;全部终止或解除契约者，全部保证金;

5、查验或验收不合格，且未于通知期限内依规定办理，其不合格部分及所造成损失、额外费用或惩罚性违约金之金额，自待付契约价金扣抵仍有不足者，与该不足金额相等之保证金。

6、未依契约规定期限或机关同意之延长期限履行契约之一部或全部，其逾期违约金之金额，自待付契约价金扣抵仍有不足者，与该不足金额相等之保证金;

7、须返还已支领之契约价金而未返还都，与未返还金额相等之保证金;

8、未依契约规定延长保证金之有效者，其应延长之保证金;

9、其他因可归责于厂商之事由，致使机关遭受损害，其应由厂商赔偿百未赔偿者，与应赔偿价金额相等之保证金。