工业水井潜水泵能抵扣进项税。按照《财政部国家税务总局关于固定资产进项税额抵扣。的通知》（财税[2009]113号）的规定，工业水井潜水泵属于给排水设备，不得抵扣进项税额。但全面实行营业税改增值税后，一般纳税人购进固定资产或购进货物用于不动产以及不动产在建工程，只要不是专用于简易计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费，也不属于非正常损失的购进货物，均可抵扣进项税额，但用于不动产以及不动产在建工程，则需要分两年抵扣，第一年抵扣60%，第二年抵扣40%。

1、《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）：附件1《营业税改征增值税试点实施办法》：第二十七条下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：

（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产（不包括其他权益性无形资产）、不动产。纳税人的交际应酬消费属于个人消费。

（二）非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。

（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、加工修理修配劳务和交通运输服务。

（四）非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。

（五）非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。

（六）购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。

（七）财政部和国家税务总局规定的其他情形。

2、《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）：附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》：

(四)进项税额。1.适用一般计税方法的试点纳税人，2016年5月1日后取得并在会计制度上按固定资产核算的不动产或者2016年5月1日后取得的不动产在建工程，其进项税额应自取得之日起分2年从销项税额中抵扣，第一年抵扣比例为60%，第二年抵扣比例为40%。