跟总公司签订的合同由分支机构付款是可以的，总公司与分公司的关系：

1、分公司是与总公司或本公司相对应的一个概念。许多大型企业的业务分布于全国各地甚至许多国家，直接从事这些业务的是公司所设置的分支机构或附属机构，这些分支机构或附属机构就是所谓的分公司。而公司本身则称之为总公司或本公司。

2、分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。虽然分公司有公司字样，但它不是真正意义上的公司。因为分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。

3、分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。

一、分公司具有哪些法律特征？

1、二者的法律地位不同

子公司具有独立的主体资格，享有独立的法人地位。分公司则不具有独立的民事和商事主体资格，不具有法人资格。子公司是独立的法人，拥有自己独立的名称、章程和组织机构，对外以自己的名义进行活动，在经营过程中发生的债权债务由自己独立承担。分公司则不具备企业法人资格，没有独立的名称，其名称应冠以总公司的名称，由总公司依法设立，只是公司的一个分支机构。因此，子公司作为独立的法人，在法律上其意志是独立的，母公司对子公司的经营管理活动不能进行直接的命令指挥。分公司作为本公司的分支机构，其业务的执行、资金的调动完全受制于本公司。

2、二者的名称称谓不同

分公司不具有独立的名称，子公司有自己独立的名称。分公司名称需要加母公司的名称；子公司可以自行起名称，不需要加母公司的名称。分公司其名称中虽有公司字样，但不是真正意义上的公司。而子公司与一般的公司无异，母公司持有分公司的股份，更多的联系还是存在于利益方面。

3、二者的经营范围不同

分公司经营范围不得超出母公司的经营范围，子公司可以自行选择经营范围，一般无限制。

4、二者设立的程序不同

分公司的设立程序与一般意义上的公司设立程序不同，设立分公司只需办理简单的登记和开业手续。而子公司需要按照正常规定进行申请和设立。子公司由公司股东按照《公司法》的规定设立，应当符合《公司法》对公司设立条件和投资方式的要求。分公司由总公司在其住所地之外向当地工商机关申请设立，属于设立公司分支机构。

5、二者的财产关系不同

在财产关系结构上，子公司虽然有母公司的参与，但仍有属于自己的财产。分公司的财产则全属于本公司，是本公司财产不可分割的组成部分。分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表。而子公司的财产是独立的，与总公司财产无关。另外，分公司与总公司之间的资本转移，因不涉及所有权变动，不必负担税收。

二、分公司注册独立法人可以吗

分公司是不可以注册独立法人的。

分公司属于企业法人的分支机构，不具有法人资格，不能独立，所以也不是独立法人。

分公司是指在业务、资金、人事等方面受本公司管辖而不具有法人资格的分支机构。分公司属于分支机构，在法律上、分公司经济上没有独立性，仅仅是总公司的附属机构。分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。因此分公司不具有法人资格。