一、商标注册代理合同主体的审查

商标注册委托代理人应为经国家工商行政管理局指定或认可，从事商标代理业务的组织。商标注册申请人限于企业、事业单位、社会团体、个体工商户、个人合伙、以及外国人或者外国企业。未依法获准从事经营活动的自然人不能签订商标注册代理合同作为商标注册申请人。

二、申请注册商标的基本情况

申请注册商标的基本情况包括商标名称、图案、申请注册商标核定使用的商品或服务的类别和商品或服务的名称等。《商标注册申请书》及《商标代理委托书》应作为商标注册代理合同附件。

三、商标注册代理合同的代理权限

应明确约定商标注册代理合同商标注册代理人的权限，如商标代理注册、设计、制作等事项，是申请注册中国商标，还是注册马德里商标等。

四、商标注册代理合同双方的权利和义务

依据对商标注册代理合同商标注册代理人代理权限的约定，界定商标注册申请人、商标注册代理人各方的权利义务。

五、商标注册代理合同费用及其支付方式、支付时间

此条款中应在商标注册代理合同明确约定各项费用及支付方式、支付时间。如系涉外业务，还要考虑到币种汇率、计算方法。商标注册代理过程中一般有以下几种费用：

1、商标注册代理申报费;

2、查询费;

3、注册商标的制作费;

4、商标注册规费和代理费。

六、商标注册代理合同违约责任的约定应具有可操作性，以利于执行。

七、商标注册代理合同解除、终止条款

应明确约定商标注册代理合同解除、终止的条款。如没有关于商标注册代理合同解除、终止或提前终止的条款，致使终止商标注册代理合同的条件不明确，将造成签订商标注册代理合同容易，解除商标注册代理合同困难的现状。因此，有关合同解除、终止和提前终止的条款应力求细化、全面。

八、法律适用条款

对于双方处于不同国家的情况，商标注册代理合同各方出于自身的立场考虑都尽量约定适用本国法律。

其实对于合同主体的审查也是相互的，首先委托方要知道从事商标代理的组织是经过特殊指定的，另外，非法从事经营活动的自然人也是不能够签订商标注册代理委托合同的，在商标委托代理合同当中对于相关的费用应该是包括申报费，代理费和商标的注册费等，这些细节上的问题也要注意。