企业股权变更主要表现为股权的投资转让，根据法律的相关规定，企业股权的转让行为，转让方需要按照其股权转让所得计征企业所得税。以转让股权的收入减去原值和相关费用后的余额，其缴纳的税率适用于百分之二十的比例税率，计算缴纳企业所得税。但是，如果企业以原价转让的股权的话，那么则不需要缴纳企业所得税。

如果股权转让涉及到企业所得税，那么根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》的规定，企业股权投资转让所得和损失的所得税处理方法如下所示：

企业因为收回、转让以及清算等方式对股权进行处置后，所获取的收入减去股权投资成本后的余额，即为企业股权投资转让所得或损失。那么这部分如果是正数的话，所得就应该计入企业的应纳税所得额里，依法缴纳相应的企业所得税。

缴纳金额的计算方法。

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条的规定，如果纳税人存在下列情形之一的，税务机关有权对其应缴纳税额进行核定。

(一)根据法律规定，纳税人可以不设置账簿的情况，税务机关有权核定其应纳税额。

(二)根据法律规定应该设置帐簿但是纳税人没有设置的，税务机关有权对其应纳税额进行核定。

(三)纳税人擅自将账簿销毁了的、纳税人拒不提供相应的纳税资料的，税务机关有权对其应纳税额进行核定。

(四)纳税人设置了账簿但对账簿内容记录不认真，敷衍了事，账目混乱不堪，或者是对有关成本的资料、收入凭证等残缺不全的，造成查账困难的，税务机关有权核定其应纳税额。

(五)纳税人产生了纳税的义务但是没有在规定期限内申报办理纳税，税务机关对其责令限期申报却有逾期不申报的，税务机关有权核定其应纳税额。

(六)纳税人没有正当理由说明其申报的计税依据明显偏低的，税务机关有权核定其应纳税额。

关于税务机关具体如何核定应纳税额，就需要国务院税务主管部门来规定。

股权变更后需要申报办理变更税务登记的，应当在工商行政管理机关变更登记那一天起算的三十天内，带好证件在市地税登记机关申报办理。当然，如果是经其他有关机关批准或这宣布变更了的或是税务登记实际发生变化了的，时间还是以那一天起算的三十天内。

如果企业自然人的股东股权需要变更的，那么其原主管的税务机关需要在其《变更税务(社保缴费)登记表》上加上自己的审批意见，然后就可以去登记分局大厅或登记外点办理变更手续。

对于自然人股东来说，需要依据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，原股东获得的股权转让所得，需要财产转让所得项目征收个人所得税，其适用的税率为20%。财产转让所得以每次转让财产取得的收入总数额减除财产原值和其他费用的余额作为应纳税所得额。