区别为概念不同、起诉条件不同。

（1）、概念不同

1、存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。《人民检察院刑事诉讼规则》第405条规定，人民检察院根据刑事诉讼法第171条第四款规定决定不起诉的，在发现新的证据，符合起诉条件的，可以提起公诉。这是检察机关对存疑不起诉案件保留公诉权的行为规范。

2、绝对不起诉又称法定不起诉，指《刑事诉讼法》第173条第1款和第171条第4款规定的不起诉。所谓法定，是指法律规定的“应当”，即是犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或具有《刑事诉讼法》第15条规定情形之一的，人民检察院应当做出不起诉决定，检察机关不享有做出起诉决定或不起诉决定的自由裁量权，只能依法做出不起诉决定。

（2）、适用条件不同

存疑不起诉规定中包括两个条件：

1、案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。

2、证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。

人民检察院对此种情形下的犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，必须同时具备上述两个条件。

根据最高人民检察院《规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

1、据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

2、犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

3、据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的；

4、根据证据得出的结论具有其他可能性的。

在证据不足的情况下，我们不能保障案件能否顺利的进行，也不能保障能维护自身的权利。因此在遇到案件发生的时候，我们需要收集相关的证据证明，才能在案件的审理过程中，获得应有的赔偿以及获得案件的胜利，相反情况下，只能自己承受案件结果。

存疑不起诉的条件

（1）案件已经经过了补充侦查。

这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。

一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。

（2）证据不足，不符合起诉条件的。

这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。

具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

（1）据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

（2）犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

（3）据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的；

（4）根据证据得出的结论具有其他可能性的。

需要注意的是，在刑事诉讼的程序中，对于存疑不起诉案件的认定，是需要检察机关对证据和案件事实，充分的审查之后，才有权作出的，但是如果在不起诉之后，又发现了新的犯罪事实，则还可以继续追究相关责任。

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