劳动合同主体变更方式有：

第一种方式是员工辞职然后与第三方企业签定新的劳动合同。第三方企业在发给员工的要约中必须明确规定，只有员工向原企业提出辞职，要约才能生效。这样做的好处在于原企业无需为此支付经济补偿金，但是第三方企业对于员工将会给出较高的待遇以获取员工的同意。

第二种方式是企业与员工协商终止劳动合同。为此企业可以签订协议,约定由第三方企业负担向员工支付的经济补偿金。

第三种方式是三方协商转让,约定由第三方企业承继原企业在劳动合同项下的权利义务,但第三方企业可以与员工进行协商变更。这种方法应当约定员工的工龄继续计算,并且在原合同项下的权利应当得到保障。如此,企业将无需立即支付经济补偿金,而员工的合法权益也并不受到任何损害。

一、公司合并员工怎么办？

公司合并之后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素会发生变化，员工可以自由选择去留，如果选择离开，员工可以向公司申请一定的补偿。公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿。

对员工实行补偿通常有以下几种方式：

1、现金支付形式

现金支付形式就是要求企业以现金支付给员工作为解除长期劳动合同的经济补偿金，对于现金流充裕的企业来讲，这种方式是可以接受的，而且是一次性解决，没有为改制后的企业留下什么后遗症，但是这种方式将极大的侵占企业的资金流，降低了企业抵御风险的能力，使得企业很容易陷入危机之中。

2、股权支付形式

股权支付形式就是直接将企业的净资产以经济补偿金的方式落实到每个员工上，企业改制后，形成员工对于改制后企业占有的股权。虽然这种方式在相关文件政策上是允许的，但是在操作中却有两个明显障碍，首先是由于《公司法》对于公司股东人数的限制，使得员工持股的人数受到限制，同时由于员工持股会等持股载体的组建已经很难再得到有关部门的审批，那么员工以何种身份、方式持股是首先需要解决的问题；其次员工集体持股方式在大多数地方已经行不通，地方政府更多的希望由原来企业的经营层绝对控股改制后企业，不支持所有员工共同持股。因此，从以上两点看，以股权形式支付员工经济补偿金也不是一种很好的办法。

3、债权支付形式

如果改制企业的支付能力比较差，为了缓解支付改制成本给企业生产经营带来的压力，可以将员工的经济补偿金转为改制企业的负债，同时减少相应的企业净资产。企业改制后，员工持有改制后企业的债权，并根据相应的规定和条件获得清偿。改制企业以债权形式支付员工经济补偿金，一定要获得上级主管部门和政府的批准，以避免改制后违反《会计法》和《税法》的风险。

二、企业解散员工该如何处理？

1、成立安置小组，筛选小组成员，尽量选择人事部、工会委员、财务这类人员，便于安置工作的开展，可以在协议中对这些小组成员给予优待;

2、对于企业有条件以其他方式消化部分员工的，如由关联企业对这部员工进行招用，可以在解散前提前与之协商解除劳动合同，在解除协议里约定好权利义务，由关联企业择优录取。或者提前由关联企业根据自身需求对有意向的员工进行招聘，决定录用的，签订三方协议，工龄由新公司承继，福利待遇按原合同执行。

3、对大部分员工还是采用协商解除的方案为准，鼓励优先解除。对特殊员工给予一定的补助，如患有重大疾病。

4、对于以上述方式不能处理的员工，只能按劳动合同终止与其终止劳动关系。