员工获得的经济补偿应扣除税款。一、财政部．国家税务总局《关于个人与用人单位解除一次性补偿收入征免问题的通知》（财税2001157号）第一条规定：个人因与用人单位解除劳动关系而获得的一次性补偿收入（包括用人单位支付的生活补助费和其他补助费），其收入在上一年度当地职工平均工资的3倍以内。2、免征个人所得税；超出部分按照《中华人民共和国国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿征收个人所得税的通知》（国税发〔1999〕178号）的有关规定计算征收个人所得税。第二条规定：个人领取一次性补偿收入时，按照国家和地方政府规定的比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险费、基本费、失业保险费，可以在征收一次性补偿收入的个人所得税时扣除。3、《中华人民共和国国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿征收个人所得税的通知》第二条规定：考虑到个人取得的一次性经济补偿收入较大，被解雇的人员可能在一段时间内没有固定收入，因此个人取得的一次性经济补偿收入可视为一次性取得的几个月工资和薪金收入，允许在一定期限内平均。4、具体平均办法是：个人取得的一次性经济补偿收入，除以个人在企业的工作年限，以其商数作为个人月工资和薪金收入，按税法规定计算缴纳个人所得税。本企业个人工作年限按实际工作年限计算，超过12年按12年计算。

经济补偿金应该如何计算

《劳动合同法》第四十七条规定经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

1、经济补偿金的年限为劳动者在本单位的实际工作年限，无十二个月的限制；

2、在发放经济补偿金时，用作计算经济补偿的工资收入是指按国家和本市规定列入工资总额统计的工资、奖金、津贴、补贴，不包括按国家和本市规定个人应缴纳的各类税费。而经济补偿金的工资计发基数则是根据劳动者解除合同前12个月平均工资来确定，平均工资难以确认的，可以参照本市或单位上年度的平均工资协商确定。劳动者的平均工资低于本市最低工资的，按最低工资计算。

3、本单位工作年限满六个月不满一年的按一年计算是指劳动者进入本单位工作满六个月不满一年的，按一年计算其本单位工作年限。劳动者在本单位工作超过一年的，扣除整数年后剩余时间满六个月但不满一年的，应按一年计算。

《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》一

个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》（国税发［1999］178号）的有关规定，计算征收个人所得税。