需要区分不同情况。如果免税农产品是自产并直接销售的话可以按9%计算抵扣进项税额，如果用于生产13%税率货物的话，还可以加计1%也就是按10%计算抵扣进项税额。

一、农产品核定扣除办法28号公告

农产品核定扣除办法有几点。一、增加11%的扣除率;暂时保留13%的扣除率。二、1、重新定义了“销售发票”的概念。2、从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额。三、1、营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品维持原扣除力度不变。2、纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工17%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工17%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。3、纳税人取得“农产品销售发票”或者开具“收购发票”后，如何确定采买的农产品是销售方自产的农产品

二、加计抵减10%政策是什么

加计抵减10%政策为自2019年4月1日至2021年12月31日，允许生产、生活性服务业纳税人按照当期可抵扣进项税额加计10%，抵减应纳税额。

“加计抵减”是此次增值税改革出台的新政策。

对某些行业来说，产量保持不变或降幅有限，但如果投入较少，税负可能会增加。为了保证这些行业的税负，决定对这些行业实行加计扣除政策。具体来说，包括四种服务，即通过提供邮政服务、电信服务、现代服务和生活服务给销售额占总销售额50%以上的纳税人。

进项税可以在本期内加计扣除，包括所有可扣除的进项和购买商品、服务和房地产的合格客票。因此，企业应根据自身情况做出合理判断。

三、服务类的发票能抵扣吗

取得专用发票，服务费可以抵扣。一般纳税人开出的是6%的，信息咨询服务费是可以开正常的增值税专用发票。增值税一般纳税人可以提供信息咨询服务，就可开具税率为6%的增值税专用发票；小规模纳税人需要向向主管税务机关申请代开征收率为3%的增值税专用发票。纳税人支付运输费用，可以根据运费发票所列运费金额(不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费)乘以11%的扣除率计算抵扣进项税，其计算公式为：准予抵扣的进项税额=运费×扣除率。购入废旧物资回收经营单位销售的免税废旧物资，可以按照废旧物资回收经营单位开具的由税务机关监制的普通发票上注明的金额，乘以10%计算抵扣进项税。