股权转让是企业转让其持有的股权的行为，而这个行为给企业带来的结果就是获取股权转让所得(或损失)。按照相关规定，企业股权转让所得属于转让财产所得，应以其股权转让收入扣除为取得该股权所发生的成本后的余额为股权转让所得。

在确认股权转让所得的过程中，笔者认为需要重点关注如下三点问题：

一、允许扣除的股权成本为企业投资时实际交付的出资金额。对此《企业所得税法实施条例》中已有明确：企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。前款所称历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。同时，《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》(国税函[2009]698号)中规定：股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。

需要注意的是，如果最初投资时被投资企业出现股本溢价，计入了资本公积，那么对于被投资企业账面记载而言，其投资成本包括“长期股权投资”和“股本溢价”两部分，体现了资产计价的历史成本原则。对于这一点，可从《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)文中得到印证：被投资企业将股权(票)溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础。可见股权溢价形成的资本公积是初始投资成本的一部分，在计算股权转让所得时也应予以关注。

二、股权转让收入不得扣除被投资企业留存收益中所可能分配的金额。关于投资企业享有的被投资企业留存收益的份额究竟能否在转让收入中扣除的问题，原内资、外资企业所得税法的规定并不相同。在2008年颁布了新《企业所得税法》后，国税总局对这一问题的口径终于统一，并在国税函[2010]79号文中予以明确，即：企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。也就是说，在股权转让中，没有实际分配的留存收益不能作为免税收入予以扣除。这一结论也与国税函[2009]698号文中论调一致，即：如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。

例如：A公司持有M公司100%股权，初始投资成本为100万元，M公司具有留存收益(包含未分配利润和盈余公积)150万元，2010年A公司将M公司的100%股权作价300万元转让给了B公司，则股权转让所得为：300—100=200万元。

需要注意的是，与股权转让不同，国家税务总局公告2011年第34号——《关于企业所得税若干问题的公告》中规定：投资企业撤回或减少投资的税务处理：投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回;相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得;其余部分确认为投资资产转让所得。也就是说，对于企业撤资或收回投资的情形，被投资企业累计留存收益视同其已经分配，按其减少实收资本的比例确认为股息所得。根据《企业所得税法》的规定，居民企业间的股息、红利等权益性投资收益所得为免税收入，因此上述按比例确认的股息所得，可以作为免税收入从撤资所得的收入中予以扣除，不计算企业所得税。

三、非居民企业转让股权时的币种换算问题。如果非居民企业初始投资时使用外币投入资本，那么应如何确认其股权转让所得呢?国税函[2009]698号文对此明确：在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权成本价。也就是说应将转让价和成本价都换算为原投资时的币种，进而计算出股权转让所得，再换算为人民币计算应缴纳的企业所得税。