(一)本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪的界限

本罪与非法转让、倒卖土地使用权罪都是与土地管理有关的犯罪。二者的不同在于：

1、客体不同。

本罪侵害的是国家对土地特别是耕地进行保护的管理制度;而非法转让、倒卖土地使用权罪侵害的则是国家对土地使用权合法转让的管理制度。

2、犯罪客观方面不同。

非法占用耕地罪是结果犯，表现为违反土地管理法规，非法侵占耕地，数量较大，造成大量耕地毁坏的行为。非法转让、倒卖土地使用权罪则是情节犯，表现为违反土地管理法规，实施了非法转让、倒卖土地使用权，情节严重的行为。其中非法转让土地使用权，是指以买卖以外的其他形式非法转移土地使用权的行为，也即未按国家法律规定程序办理征用或者划拨手续的行为，或者末按规定权限办理审批手续的土地转让的行为。倒卖土地使用权，包括毫不掩饰和明码标价地将土地卖给他人，而收取价款和以某种形式掩盖其土地买卖的实质而将土地卖给他人的两种行为方式。

3、对二者的处罚虽都采取了判处有期徒刑和罚金的刑罚方法，但前者没有明确确定的罚金标准;而后者则采取的是倍比罚金制的方式以确定罚金的标准。

(二)本罪与非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪的界限

此三罪相同之处都是与土地资源有关;并且在主观方面均表现为故意。不同之处表现为：

1、侵害的客体不同。

非法占用耕地罪的客体是对耕地的法律保护制度;而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪所侵害的客体均为国家机关工作人员职务行为的廉洁性和正当性。

2、客观方面不同。

非法占用耕地罪在客观上表现为违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的行为，而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪在客观上都表现为徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权。通常表现为弄虚作假，欺上瞒下，掩盖事实真相;或违反《土地管理法》等有关土地管理法规中关于批准征用、占用土地以及出让土地使用权的规定，不正确地行使批准征用、占用土地或者出让国有土地使用权的职权。

3、主体不同。

非法占用耕地罪的主体是一般生体，而非法批准征用、占用土地罪和非法低价出让国有土地使用权罪的主体是特殊主体，即国家机关工作人员。

一、怎样认定非法占用耕地罪

认定非法占用耕地罪，需要从以下四个方面着手进行分析：

(一)客体要件

本罪侵犯的客体，是国家土地管理、城市规划等机关的正常活动以及其他有关国家机关的正常管理活动。徇私舞弊行为使国家土地管理法律、法规的顺利实施受到严重干扰，损害了国家土地管理、城市规划机关的威信，损害了国家和人民利益。

本罪的犯罪对象是土地。土地是我们赖以生存的自然资源，国有土地是社会主义全民所有的公共财产的重要组成部分，违法批准征用、占用土地的行为，造成国家土地资源的浪费，可耕地面积减少，使国家土地使用收益大量流失。

(二)客观要件

本罪在客观方面表现为徇私舞弊，违反土地管理法规，滥用职权，非法批准征用、占用土地，情节严重的行为。

(三)主体要件

本罪主体是特殊主体，即国家机关工作人员，主要是指在各级政府中的主管人员，土地管理、城市规划等部门的工作人员。

(四)主观要件

本罪在主观方面必须是出于故意，即行为人明知自己的徇私舞弊行为是违反有关法律规定的，明知自己行为可能产生的后果，而对这种后果的发生持希望或者放任的态度。行为人的犯罪动机是徇私，有的是为了贪图钱财等不法利益，有的是因碍于亲朋好友情面而徇私舞弊，有的是出于报复或嫉妒心理而徇私舞弊等。