有限公司应该属于一般纳税人，应该建立健全账目核算。一般纳税人和小规模纳税人是国税对生产经营企业纳税管理的不同分类。前者必须建立健全账目，经严格审核后认定，适用查账征收；后者账目不健全，适用核定征收。你公司是有限责任公司，应当建立健全账目核算，主要税收（营业税）是地税，应是查账征收的纳税人。

一、个体户纳税方式

个体户的税款征收一般有两种方式，一种是核定征收和查账征收。

1、核定征收的税务部门对个体工商户一般都实行定期定额办法执行，也就是按区域、地段、面积、设备等核定给你一个月应缴纳税款的额度。

2、查账征收，就是完全按照账本核算，所有公司都这样征收的。

二、企业所得税的计算

建立健全帐簿，规范财务核算，正确计算盈亏，依法办理纳税申报，达到查帐征收方式的企业标准的，可申请企业所得税查账征收。

企业所得税的纳税人为中国境内实行独立经济核算的各类内资企业或组织。具体包括国有、集体、私营、股份制、联营企业和其他组织。

企业所得税的征税对象为来源于中国境内的从事物质生产、交通运输、商品流通、劳务服务和其他营利事业取得的所得，以及取得的股息、利息、租金、转让资产收益、特许权使用费和营业外收益等所得。

企业所得税的计税依据为应纳税所得额，即纳税人每一纳税年度内的收入总额减除准予扣除的成本、费用、税金和损失等项目后的余额。

下列项目在计算应纳税所得额时，不得扣除：

1、资本性支出。

2、无形资产受让、开发支出。

3、违法经营的罚款和被没收财物的损失。

4、各项税收滞纳金、罚款和罚金。

5、自然灾害或意外事故损失有赔偿的部分。

6、各类捐赠超过扣除标准的部分。

7、各种非广告性质的赞助支出。

8、与取得收入无关的其他各项支出。

全年应纳税所得额3万元以下的，税率18％；3万元至10万元的，税率为27％；10万元以上的，税率为33％．

自2008年1月1日起统一调整为25％。

三、个体工商户所得税怎么征收

个体工商户个人所得税的征收方式：

1、查账征收。要求个体工商户设置账簿，根据合法有效的凭证记账核算，在缴纳个税时计算出应纳税所得额，按适用的税率缴纳个税。

2、定期定额征收。税务机关依法按程序核定纳税人在一定经营时期内的应纳税经营额或所得额，从而确定其应纳税额的征收方式。