1、可以采取协商、调解、起诉的方式处理医疗事故赔偿纠纷。

第四十六条发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。

第四十七条双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。

2、采取协商、调解等方式确定赔偿数额时需要考虑医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度等的因素。

《医疗事故处理条例》

第四十九条医疗事故赔偿，应当考虑下列因素，确定具体赔偿数额：

(1)医疗事故等级；

(2)医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度；

(3)医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。

不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。

一、采取调解方式处理医疗事故需要遵守的原则

(一)自愿原则

医疗事故赔偿调解是条例关于解决医疗事故民事责任争议的一种重要途径，是医疗事故争议解决程序的重要组成部分。卫生行政部门是否进行调解，调解能否达成协议，都取决于医患双方当事人自愿同意，卫生行政部门不能强迫医患双方当事人进行调解。

自愿原则体现在：

1、医患双方当事人是否选择调解的自愿。选择行政调解是医患双方当事人的一种权利，不是必须履行的义务。卫生行政部门是否进行调解要尊重当事人的选择，而且这种选择必须是医患双方共同自愿的意思表示，一方不自愿也不能进行调解。在调解过程中，一方表示不愿意继续进行调解，卫生行政部门应当停止调解。

2、医患双方当事人是否接受调解结果的自愿。医疗事故赔偿调解涉及对民事权利的处分，应当由当事人自行决定，任何单位都无权干涉。卫生行政部门不能强迫任何一方当事人接受赔偿数额的建议。

(二)合法原则

卫生行政部门的调解活动和调解协议的内容必须符合法律、法规的规定。调解过程中，医患双方在卫生行政部门的主持下，可以互谅互让，可以妥协和让步，但是对于赔偿数额的确定，应当按照条例规定的标准和项目计算，应当公平合理，不能超过法律规定的限度。调解协议的内容不得损害国家和公共利益。

相关法律规定：《医疗事故处理条例》

第四十八条已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据本条例的规定计算赔偿数额。

经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行；调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。