（一）、直接责任人员的认定问题

根据现行刑法的规定，工程重大安全事故罪的主体是建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位，但处罚的对象并非上述单位本身，而是上述单位的直接责任人员。工程重大安全事故犯罪通常涉及多个单位，责任分散，如何确定参与工程重大安全事故犯罪的自然人承担刑事责任的范围，即如何确定直接责任人员是刑法理论与司法实践中亟待明确的问题。

依据《刑法》第137条的规定，本罪要追究刑事责任的是直接责任人员而非间接直接人员，对于间接责任人员只应酌情予以党纪、政纪处分乃至一般违法之处罚。因此，必须正确区分直接责任与间接责任以界定罪与非罪。按照刑法理论，直接责任人员的行为与重大事故的发生具有内在的、必然的联系；而间接责任人员的行为与重大事故的发生之间虽有联系，但并不存在内在的、必然的联系。两者的共同点是行为与结果都有联系，不同点在于这种联系是否为内在的、必然的联系。换言之，行为与结果之间有无内在的、必然的联系，是区分直接责任与间接责任的主要标准。笔者认为，本罪的直接责任人员，应当是指其实施的行为与发生的工程重大安全事故具有直接因果关系的建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位内部的成员（含聘用、雇佣的人员），包括对是否降低工程质量标准具有决定权的领导人员以及具体实施降低工程质量标准的人员。

（二）工程重大安全事故罪量刑实务问题

工程重大安全事故罪的处罚有两个量刑档次，一是造成重大安全事故的，对直接责任人员，处5年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；二是后果特别严重的，对直接责任人员，处5年至10年以下有期徒刑，并处罚金。在审判实践中，对被告人量刑时，应首先确定是否属后果特别严重，同时，要根据其是否有自首、立功等法定量刑情节，以及工作的一贯表现，降低工程质量标准的动机，主观恶性的程度，是否采取补救措施等酌定量刑情节，综合起来适用轻重不同的刑罚，以体现我国刑法罪责刑相适应的原则和合理防治犯罪的刑罚目的。其中，应当特别注意以下三点：

1、严格掌握后果特别严重的标准

后果是否特别严重，是区分本罪两个量刑档次的前提。笔者认为，本罪的后果特别严重应当适当高于其他责任事故类犯罪。根据《工程建设重大事故报告和调查程序规定》第3条的规定，达到二级重大事故，即死亡10人以上，或者直接经济损失100万元以上，可以作为后果特别严重认定。

2、注意区分责任大小

在实践中，工程建设涉及建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位等诸多单位，其中有诸多必要环节，因此，工程重大安全事故的发生往往责任分散，涉及多人的行为。应当在查清事故原因的基础上注意区分各直接责任人员在其中所起的作用大小，分清主要责任人员和次要责任人员，以确定不同直接责任人员的罪责大小。如綦江虹桥垮塌案，被告人费上利、李孟泽、段浩、夏福林、阎珂犯工程重大安全事故罪，因罪责不同，分别被判处10至6年不同的徒刑。

3、正确认定被告人是否有自首情节

实践中，工程重大安全事故发生后，负有责任者可能会向单位领导报告情况，但很少有主动至公安机关投案的，自动投案不明显，自首问题往往很容易被忽视。笔者认为，在工程重大安全事故发生后，被告人如果能够按照有关行政法规的规定，及时向所在单位、政府部门或者其他有关负责人员如实报告，并听候处理，应当认为是自动投案，如其又能如实交待自己的罪行，应当认定为自首。如果事故发生后，事故原因尚未查清，或者事故原因虽已查清但司法机关尚未掌握被告人犯罪的证据，此时，被告人在接受司法机关调查时，能够如实供述自己的罪行，依法视为自首。