存疑不起诉不会开除公职。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件，而作出的不起诉决定，这种情况下犯罪行为人将被无罪释放，法院不能判处其承担任何的刑罚。

一、补充侦查期限超出期限后如何处理

补充侦查的期限超出后的处理：补充侦查以2次为限。如果是第一次侦查超期的，可以在第二次侦查当中完成处理，如果第二次超出的，检察院会作出不起诉决定。《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第三款、第四款规定，对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

二、取保候审中两次退侦是要注意些什么

取保候审，是指侦查机关责令犯罪嫌疑人提供担保人或交纳保证金并出具保证书，保证其不逃避或妨碍侦查，并随传随到的一种强制措施。取保候审期间退侦2次说不上是好事还是坏事。如果说是好事的话，那就是第一次证据不足，检察院不起诉。如果说是坏事的话，退回补充侦查，让公安再补充，证据方面肯定会更充实，起诉定罪会更容易一些。但是如果案件经过两次退回补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的，人民检察院应当作出不起诉决定。

三、与法定不起诉存疑不起诉酌定不起诉有什么区别

1.法定不起诉是指犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的（一）情节显着轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。

2.酌定不起诉是检察官根据起诉便宜主义对自己拥有的诉权的舍弃而决定不起诉。主要有以下几点：1、犯罪嫌疑人在中华人民共和国领域外犯罪，依照我国《刑法》规定应当负刑事责任，但在外国已经受过刑事处罚的;2、犯罪嫌疑人又聋又哑，或者是盲人的;3、犯罪嫌疑人因防卫过当或紧急避险超过必要限度，并造成不应有危害而犯罪的;4、为犯罪准备工具制造条件的;5、在犯罪过程中自动终止或自动有效防止犯罪结果发生的;等等。

3.存疑不起诉，是指对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。