是会留案底的，醉酒驾驶可定为“危险驾驶罪”，是刑事犯罪，会进入档案，就是留有案底。不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。

一、法院没有案底可以起诉检察院吗

检察院不起诉不会留有案底。案底又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门与相关国家机关。人民法院依法审判，判处有罪的，才会有案底，检察院不起诉也就不会被判决，自然不会有案底。

二、不予起诉和免予起诉有什么区别

不予起诉和免予起诉的区别：

1、不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定；免予起诉，是指检察机关对虽已构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的被告人作出的免予向法院提起公诉追究刑事责任的决定。

2、不起诉是在犯罪嫌疑人没有构成犯罪或者虽然构成犯罪，但依照法律规定不应追究刑事责任的情况下，才可以使用；免予起诉是被告人的行为已经构成犯罪，在应负刑事责任的前提下，只是由于刑法规定不需要判处刑罚或可以免除刑罚的情况下才可以使用。

3、不起诉是有明确的法律规定的，只要存在法律上规定的不追究刑事责任的情形之一时，人民检察院就应作出不起诉的决定；免予起诉的适用，需由人民检察院根据案件的具体情况，斟酌法律上的规定作出具体决定。

三、不批捕的法律后果是什么

根据我国刑事诉讼法的规定，不起诉，是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件和自行侦查终结的案件进行审查后，认为犯罪嫌疑人的行为不符合起诉条件或没有必要起诉的，依法不将犯罪嫌疑人提交人民法院进行审判、追究刑事责任的一种处理决定。不起诉是人民检察院对案件审查后依法做出的处理结果之一，其性质是人民检察院对其认定的不应追究、不需要追究或者无法追究刑事责任的犯罪嫌疑人所作的一种诉讼处分。它的法律效力在于不将案件交付人民法院审判，从而在审查起诉阶段终止刑事诉讼。

1、对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关。

2、人民检察院不批准逮捕的，公安机关应当在接到通知后立即释放，并且将执行情况及时通知人民检察院。对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。