第一，国有股权转让政策不稳定，转让程序不明确，使国有股转让通道不畅，影响上市公司重组。

由于国有股权的转让，涉及国有资产的转移，稍有不慎，导致国有资产流失，后果十分严重，因此国有股权管理部门对转让国有股权的批准十分慎重，尤其是涉及国有股权性质变动，流向私有部门时更是难上加难。有的公司协议转让国有股权，等待了两三年也杳无音信。很多转让协议没在约定的时间内得到批准，受让双方被迫中止协议.国有股权转让受阻，不仅阻碍了国有股权的流动和证券市场上市公司股权结构的调整，同时国有资产的不能正常流动和产生效益，退市后的壳资源也大打折扣。因此，新的国资管理模式建立起来以后，面临加快国有股权转让的审批速度以及规范国有股转让规则的新任务，既要体现政府的导向性，更要体现国有股权转让的市场化的运作模式，以提高国有股权转让的效率。

第二，关于国有股权转让的定价问题。

理论上来看，国有股协议转让价格包括估价和定价两个过程。估价是由专业人士根据一定的方法评估企业内在价值，定价则是在估价的基础上综合各种因素来确定最终价格。

这种定价方式的不合理之处在于，公司有形资产重置价值或账面价值不能反映出具有持续经营能力的企业股权价值，盈利能力强的优质资产可能与缺乏持续经营能力的资产账面价值相差无几。如果盈利能力强的优质资产仍按净资产定价收购，将获取更多的资本利得，而另一方面，对一些劣质企业来讲，如果按低于资产值出让就属于国有资产流失，那不会有买家介入，实际操作中的国有股定价确实是一个难题。

第三，在具体的国有股权转让中还存在其它一些问题：

一是受让方的资质审查问题，有的受让方是新组建的公司，由于新成立的公司并不是一个成熟的公司，没有成熟的管理经验和公司运作经营，不利于企业的经营和发展；因此参与国有股竞价也必须是满足一定资质的公司，如要求受让方对外投资不能超过其净资产的一定比例的要求，或行业运作经验等等，以保证公司在国有股权转让后提高经营能力和市场竞争力；

二是有的上市公司国有控股权转让被当成在二级市场上进行炒作的题材，“假重组，真炒作”；将上市公司作为“圈钱”工具，利用关联交易等手段掏空或恶意侵占上市公司资产，这些行为严重损害了上市公司的利益，加大了公司的风险，对证券市场的正常运行造成不良影响。