公司章程变更在工伤行政部门办理，具体的流程如下：

1、由公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出章程修改草案；

2、股东会对章程修改条款进行表决。有限责任公司修改公司章程，须经代表三分之二以上表决权的股东通过，股份有限公司修改章程，须经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过；

3、公司章程的修改涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。如股份有限公司为注册资本而发行新股时，必须向国务院授权的部门或者省级人民政府申请批准，属于向社会公开募集的，须经国务院证券管理部门批准；

4、公司章程的修改涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记，未涉及登记事项，送公司登记机关备案；

5、公司章程的修改涉及需要公告事项的，应依法进行公告。如公司发行新股募足股款后，必须依法定或公司章程规定的方式进行公告；

6、修改章程需向公司登记机关提交“股东会决议”及“章程修正案”，若涉及登记事项，须有公司法人签章方可完成变更。

法律依据：《中华人民共和国公司法》第十二条

公司的经营范围由公司章程规定，并依法登记。公司可以修改公司章程，改变经营范围，但是应当办理变更登记。

公司的经营范围中属于法律、行政法规规定须经批准的项目，应当依法经过批准。

公司章程变更需要什么资料

（一）公司章程变更需要什么资料

1、法定代表人签署的《公司备案申请书》（公司加盖公章）；

2、公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》（公司加盖公章）及指定代表或委托代理人的身份证件复印件；

应标明指定代表或者共同委托代理人的办理事项、权限、授权期限。

3、关于修改公司章程的决议、决定；

有限责任公司提交由代表三分之二以上表决权的股东签署股东会决议；股份有限公司提交由会议主持人及出席会议的董事签字股东大会会议记录；一人有限责任公司提交股东签署的书面决定。国有独资公司提交国务院、地方人民政府或者其授权的本级人民政府国有资产监督管理机构的批准文件。

4、修改后的公司章程或者公司章程修正案（公司法定代表人签署）；

5、法律、行政法规和国务院决定规定修改公司章程必须报经批准的，提交有关的批准文件或者许可证书复印件；

6、公司营业执照副本复印件。