公司申请破产员工工资由公司的破产财产进行清偿。

破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依下列顺序清偿：

1、破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；

2、破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；

3、普通破产债权。

破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。

破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。

人民法院受理破产申请后发生的下列费用，为破产费用：

1、破产案件的诉讼费用；

2、管理、变价和分配债务人财产的费用；

3、管理人执行职务的费用、报酬和聘用工作人员的费用；

人民法院受理破产申请后发生的下列债务，为共益债务：

1、因管理人或者债务人请求对方当事人履行双方均未履行完毕的合同所产生的债务；

2、债务人财产受无因管理所产生的债务；

3、因债务人不当得利所产生的债务；

4、为债务人继续营业而应支付的劳动报酬和社会保险费用以及由此产生的其他债务；

5、管理人或者相关人员执行职务致人损害所产生的债务；

6、债务人财产致人损害所产生的债务。

法律依据：《中华人民共和国企业破产法》

第八条向人民法院提出破产申请，应当提交破产申请书和有关证据。

破产申请书应当载明下列事项：

（一）申请人、被申请人的基本情况；

（二）申请目的；

（三）申请的事实和理由；

（四）人民法院认为应当载明的其他事项。

债务人提出申请的，还应当向人民法院提交财产状况说明、债务清册、债权清册、有关财务会计报告、职工安置预案以及职工工资的支付和社会保险费用的缴纳情况。

公司破产拖欠员工工资怎么处理吗？

1、企业破产在总则中明确规定，人民法院审理破产案件，应当依法保障企业职工的合法权益。

2、债务人提出破产申请的应当向人民法院提交企业职工安置预案以及职工工资的支付和社会保险费用的缴纳情况；债权人提出申请的，人民法院向债务人送达受理裁定后，债务人应当在法定期限内向人民法院提交上述情况。

3、债务人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金，不必申报，由管理人调查后列出清单并予以公示。职工对清单记载有异议的，可以要求管理人更正；管理人不予更正的，职工可以向人民法院提起诉讼。

4、债权人委员会成员中应当有一名债务人的职工代表或者工会代表。

5、在破产清算程序中，破产财产在清偿破产费用和共益债务后，优先清偿破产企业所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当纳入职工个人账户的基本养老保险费用、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。同时，依据本法附则的有关规定，企业破产法施行后，破产人在本法公布之日前所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金，依照企业破产法第一百一十三条的规定清偿后不足以清偿的部分，以企业破产法第一百零九条规定的特定财产优先于对该特定财产享有担保权的权利人受偿。

《劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：

（1）因确认劳动关系发生的争议；

（2）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；

（3）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；

（4）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；

（5）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

（6）法律、法规规定的其他劳动争议。

第三条解决劳动争议，应当根据事实，遵循合法、公正、及时、着重调解的原则，依法保护当事人的合法权益。

第四条发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。