一、间谍组织和间谍组织代理人由什么部门确认

国家安全机关是反间谍工作的主管机关，所以间谍组织和间谍组织代理人由国家安全机关确认。

《中华人民共和国反间谍法》第三条

国家安全机关是反间谍工作的主管机关。

公安、保密行政管理等其他有关部门和军队有关部门按照职责分工，密切配合，加强协调，依法做好有关工作。

《中华人民共和国反间谍法》第三十八条

本法所称间谍行为，是指下列行为：

(一)间谍组织及其代理人实施或者指使、资助他人实施，或者境内外机构、组织、个人与其相勾结实施的危害中华人民共和国国家安全的活动;

(二)参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人的任务的;

(三)间谍组织及其代理人以外的其他境外机构、组织、个人实施或者指使、资助他人实施，或者境内机构、组织、个人与其相勾结实施的窃取、刺探、收买或者非法提供国家秘密或者情报，或者策动、引诱、收买国家工作人员叛变的活动;

(四)为敌人指示攻击目标的;

(五)进行其他间谍活动的。

二、间谍罪的认定

关于间谍罪的认定主要从以下几个方面来看：

(一)行为人实施的间谍行为，必须是针对中华人民共和国，对国家安全造成危害的，否则，不构成间谍罪。本条对构成间谍罪的间谍行为作了限制性的规定，即行为人实施的间谍行为必须是危害我国国家安全的。

(二)要把参加间谍组织的间谍分子同这些组织中的非间谍分子加以区别。所谓非间谍分子，是指间谍组织中未履行参加间谍组织的手续，也未进行间谍活动的工程技术、一般勤杂、医务、传达、庶务等人员。这些人员虽然也来我国旅游、探亲、学术交流、经贸洽谈等，但没有进行间谍活动的，不能按间谍罪予以追究。

(三)行为人参加间谍组织，接受了间谍组织及其代理人任务后，又去实施所接受的任务，诸如，进行窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密或进行如暗杀、放火、爆炸、投毒等破坏活动的行为

(四)行为人才加间谍组织，接受了间谍组织及其代理人任务后，以合法人及自然人身份，有规模的进行群众动员，进行有组织有规模的信息散布传播，利用科技手段和人员收买伪装进行虚假信息大面积传播，造成大面积影响，致使国家和民族利益受到损失。

(五)境外信息间谍组织，组织并发动代理人，进行淫秽工作，实施卖淫为目的的信息间谍组织，以搜集人文思想、社会动向、政治政策、地区经济军事等信息，进行以人肉交易、色诱影响、舆论煽动、信息间谍、计算机网络窃密、小规模伪装社交网络渗透等行为。