行政处罚的实施必须严格遵循行政法治两项重要原则，即行政合法性原则和行政合理性原则。从目前药品监管实施的行政处罚实际，特别是从日益增多的行政复议、行政诉讼以及行政相对人的种种投诉情况看，一些药品监管部门对合法性原则较为关注，而合理性原则则不同程度地被忽视，由此导致罚种适用严重失衡的情况时有发生。

一、行政处罚的基本原则，

是行政执法机关对违法行为人实施行政处罚过程中应当遵循的一般原则。行政执法机关的行政处罚，在遵循“以事实为根据、以法律为准绳”的根本原则的基础上，还应当遵守以下五条基本原则。相关法律常识：依法行政的核心内容是坚持合法原则。行政处罚的合法原则，是指行政主体的行政处罚权力的存在、运用必须以法律为依据，并符合法律规定的要求。合法原则是行政处罚所有原则中的最重要的一条原则。坚持合法原则，应当做到主体、内容、程序三个方面合法的基本要求。

(一)处罚主体合法行政机关的行政职权都是由法律赋予的，行政处罚又是依据行政职权实施的，所以行政主体实施行政处罚必须有法定的职权，必须是合法的主体。行政执法机关不能越俎代庖，干涉其他执法领域内的违法事项，否则，处罚主体违法。

(二)处罚内容合法行政处罚内容合法，主要有以下四项基本要求。

1.实施处罚行为必须在法定权限范围内除了主体合法外，执法机关还必须在法定权限范围内实施行政处罚。执法机关不可超越职权行事，否则是无效处罚行为。

2.必须事实清楚、证据确凿必须以事实为根据，这是一个非常重要的前提条件。如果违法事实不清，不能作出行政处罚决定。某一客观违法事实虽然客观存在，依法应当给予行政处罚，但还必须有足够的证据予以证实，而不能在事实不清、证据不足的情况下实施行政处罚。

3.适用法律和定性必须正确适用法律正确是行政处罚合法的一大支柱。虽然违法事实清楚，证据确凿，但如果行政机关适用法律错误，同样会造成案件定性错误。案件定性错误，也必然造成适用法律错误。这是两个相互关联、互为前提的问题。在行政诉讼中，适用法律错误，案件定性错误，不论事实怎样，人民法院都会撤销行政处罚决定。

4.处罚种类和幅度必须在法定范围内行政执法机关实施行政处罚，其处罚内容必须在法律规定的种类和幅度以内，而不能超越。

(三)处罚程序合法执法机关的行政处罚，即要求实体合法，又要求程序合法。实体是程序的内容，没有实体就谈不上程序。行政处罚程序合法是行政处罚实体合法、合理、公正的保障，程序合法同实体合法一样，是行政处罚合法性的基础。程序如果违法，行政处罚就会被撤销。