根据新刑诉法对强制医疗程序的规定，检察机关在该程序中的职责分为两个方面：一是申请强制医疗的职责;二是法律监督的职责。其中法律监督的职责又分为对决定的监督和对执行的监督。

(一)申请强制医疗的职责

根据新刑诉法第285条的规定，由人民检察院承担向人民法院申请强制医疗的职责。对于公安机关发现的精神病人符合强制医疗条件的，应当写出强制医疗意见书，移送人民检察院，对于在审查起诉过程中发现的精神病人符合强制医疗条件的，均由人民检察院向法院提出强制医疗的申请。因此，向人民法院提出强制医疗的申请有两种方式，一是由公安机关提出强制医疗的意见;二是人民检察院以职权启动。根据《人民检察院诉讼规则》的规定，在检察机关内部，负责申请强制医疗职责的是公诉部门。

(二)法律监督职责

对强制医疗的法律监督，分为对强制医疗决定的监督和对强制医疗执行的监督，根据《人民检察院诉讼规则》的规定，由公诉部门负责对强制医疗的决定和执行的法律监督职责。

1、对强制医疗决定的监督

人民检察院对强制医疗决定的监督应该是全面的，既包括公安机关侦查活动，也包括人民法院的审理活动。首先，对公安机关移送强制医疗是否合法进行监督：一是对鉴定程序是否合法进行监督。司法鉴定是刑事强制医疗程序启动的前提，只有经司法鉴定认为不负刑事责任的精神病人才能适用强制医疗。作为强制医疗程序的“入口”司法鉴定对于正确使用刑事强制医疗程序具有关键意义。二是对采取临时保护性约束措施是否适当进行监督。由于被强制医疗的对象是实施暴力行为已经达到犯罪程度的精神病人，且有继续危害社会的可能性，为了保证社会公共秩序的安全有序，根据刑事诉讼法的规定，对实施暴力行为的精神病人，在人民法院决定强制医疗前，公安机关可以采取临时的保护性约束措施。检察机关应对公安机关采取临时保护性约束措施的必要性进行监督。其次，检察机关对法院审理强制医疗案件的监督分为两个方面：一是对审判活动的监督。人民检察院对人民法院在审理阶段的监督，主要通过审查人民法院审理强制医疗是否符合法律规定的程序，二是对强制医疗决定的监督。检察机关对人民法院作出的强制医疗决定是否正确、合法进行监督。

2、对强制医疗执行的监督

强制医疗涉及人身自由，医疗手段具有特殊性，精神病人不能像常人一样表达诉求，容易发生侵犯精神病人人身权利的现象。