在实际经营中，常常有承运人为了交易简便，不与托运人签订书面货物运输合同，把货运单作为运输合同的情况，这样不能够明确当事人双方的权利义务。而且货运单往往被法院认为是格式合同，在发生纠纷时，是不利于承运人的。

因此，物流公司要尽量同托运人签订书面合同，书面合同的效力是优于货运单的。书面合同务必体现出双方当事人的参与。如果合同时由物流公司提供，一定要合理提示托运人合同中对其不利的条款，并让托运人确定。如果合同由双方代理人或者其他代表签字，在合同签订时，一定要有当事人的签章。

一、采用格式条款签订合同时要尽到提醒说明的义务

格式条款方便、省时，但是格式条款在法律上会受到一些限制，容易面临无效的风险。

物流企业在制定格式条款时，要遵循公平的原则来确定双方的权利义务，采取合理的方式提请对方注意免除或者限制承运人责任的条款，并按照合同对方的要求，对条款予以说明。这样才可确保格式条款的有效性。在签订格式合同的结尾处，可以通过让托运人亲笔书写“本合同全部内容承运人已尽说明义务，本人已充分了解合同条款的真实含义和法律后果，并同意合同全部内容。”这样，格式条款将作为生效的合同对双方产生法律约束力。

二、依法同托运人约定赔偿责任

根据民法典的规定，承运人对货物运输过程中货物的毁损、灭失承担损害赔偿责任。在实践中，承运人往往会在合同中增加有条件承担赔偿责任的条款，但一旦双方通过诉讼解决纠纷，该条款容易被法院认定为强制性规范，不具有法律效力。

运输合同的约定不应当违法法律规定，对合同中加强对方责任或者减轻自己法律责任的条款，一定要作为特别条款加以约定，对合同订立的背景、原因以及双方对条款内容均有确切的了解加以说明，从而避免法院排除适用合同约定导致条款无效的情形。

三、要同托运人详细约定合同解除的情形

根据《民法典》规定，托运人在货物交付收货人前可以同承运人解除合同，此规定对物流公司非常不利，如果承运人付出了大部分的成本，为货物运输做好了准备，托运人此时想要解除合同，就会给承运人造成损失，承运人索赔的难度会很大。所以，承运人一定要在合同中，结合行业惯例，详细列举可能发生合同解除的情形，对托运人解除合同的权利进行限制，避免因托运人的解除行为给公司造成损失。

综上所述，在物流运输合同签订流程中，首先双方一定要签订书面的合同，不要图方便以其他单据替代，否则在出现纠纷后对承运方较为不利，如果合同中有格式化条款内容一定要向托运方解释情况，同时，双方要就货物损失的赔偿责任和合同取消的情况进行约定。