目前在讨论我国公诉证据标准设定时，有两种不同意见：

1、与判决标准同一论。即认为公诉标准应当与判决标准同一，主要理由是有利于保证公诉的有效性，防止公诉失败造成不良的社会影响，浪费国家司法资源。而且有利于防止检察机关滥用公诉权，以保护公民的权利。此外，还有的学者从各国司法审查制度的不同来论证同一论的观点。如孙长永教授指出，其他法治国家对公诉有司法审查制度，可以抑制检察机关滥用公诉权，对公民进行不当指控。但中国的公诉权独占，不能付诸司法审查，因此必须设定较高的公诉证据标准，以防止公诉权的不当发动。应当说，同一论仍然是官方的主导意见。如最高人民检察院副检察长张穹2001年7月在《关于严打整治斗争中的法律适用问题》一文中指出：基本事实清楚、基本证据确凿是实践中办理刑事案件的证明要求，适用两个基本认定案件，必须达到确定无疑的程度，必须排除其他可能性，保证对被告人定罪量刑的正确。在起诉和审判阶段，要按照两个基本的要求掌握具体的条件，凡是符合条件的，就要依法起诉、判决。这里所表达的，仍然是标准一致的思想。

2、区别于判决标准论。有相当一部分学者以及检察机关的许多同志认为，我国刑事公诉的标准与判决标准应当有区别。主要理由是：从比较研究看，这种区别是各国的普遍做法。如国外以排除合理怀疑或建立内心确信为定罪标准，而起诉标准则可能是合理的根据(美国)，有犯罪嫌疑(日本)，足够的事实根据(德国)等，与定罪标准都有一定区别。从检察机关的性质和功能看，检察机关应当是一个能动的积极的维护国家法律秩序的机关，它应当对于具备起诉条件的一切违法犯罪者进行追诉，以最大限度地维护法制。降低起诉证据标准，有利于检察机关职能的发挥。从公诉与审判的关系看，因为控诉与辩护这种相对制度的存在，国家法制允许某种程度的无罪率，否则，就成了控诉决定一切。或者像日本学者所说，刑事司法成为检察官司法。这就意味着允许检察官对某些可能作出无罪判决的案件提起公诉，然后由法院来做最后把关。从我国刑事诉讼制度改革看，我国审判方式改为控辩方向法庭举证的所谓控辩式诉讼以后，辩护的空间扩大，辩护性证据的产生可能增加公诉后果的不确定性。鉴于这种情况，应当采取积极的起诉方针，尽量对可能起诉的案件提起公诉，因为起诉后还可以争取获得新的定罪证据。