一、股权转让怎么清算个人所得税

1、根据国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告，转让股权所得属于财产转让所得应税项目，应按照20%的税率计征个人所得税。财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。

2、股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。就税法的一般原理而言，股权转让与其他财产转让一样，其收益的性质属于资本利得。资本利得的计税基础为转让财产所获得的收入与被转让财产的取得成本之间的差额。套用国家税务总局文件的表述方式，股权转让所得为企业转让股权投资的收入减除股权投资成本后的余额或者股权转让价减除股权成本价后的差额。

《个人所得税法》第三条个人所得税的税率：

(一)综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率(税率表附后);

(二)经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率(税率表附后);

(三)利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。

二、计税依据明显偏低且无正当理由的判定方法

1、符合下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：

(1)申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;

(2)申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的;

(3)申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的;

(4)申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的;

(5)经主管税务机关认定的其他情形。

2、本条第一项所称正当理由，是指以下情形：

(1)所投资企业连续三年以上(含三年)亏损;

(2)因国家政策调整的原因而低价转让股权;

(3)将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;

(4)经主管税务机关认定的其他合理情形。

3、对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：

(1)参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。

(2)参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。

(3)参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。

(4)纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。

三、股权转让是否需要公证

股权转让只要是经股东会决议认可并经其他股东放弃优先权后的合法转让，与第三方签定双方间的转让合同或协议就具有法律效力，一般不需要公证。但出现以下情况时，一般会采取公证来防范风险：

(1)转让双方对有关事项存疑时(如对转让比例、转让出资时限等);

(2)当事人一方不到亲自到场签约委托他人代办时;

(3)双方认为有必要公证时;

(4)立据公证为其他用途时;

公证地一般要在公司所在地。