任何事物都有其两面性，宪法监督机制也不能免俗。我国现行的宪法监督机制在明确规定宪法是国家的根本大法，有效巩固了社会主义法制的同时，也存在一些缺陷：

(一)专任主体缺位。法国的宪法委员会监督和德国的宪法法院监督，甚至美国的最高法院监督实质上都是由专门的宪法监督机关实施监督。事实证明，以上国家的专门机关监督，在进行合宪性审查和追究违宪事件上发挥着不可替代的作用。我国宪法规定由全国人大及其常委会行使监督权，但事实上全国人大及其常委会并不是专门的宪法监督机关，其主要的工作在于制定和修改法律、决定国家重大问题、选举、决定国家机关的领导人等，这种全权地位和多种职权使得宪法监督没有成为一种专门化和经常化的工作，妨碍了宪法监督制度作用的发挥。而在其辅助性机构中，包括法律委员会，也不是专司宪法监督的。特定问题的调查委员会也只是在处理违宪问题的情况下才成立的。因此，全国人大及其常委会虽是我国宪法监督的专门机关，但不是专任机关。专任机关要求它们主持宪法监督和全权处理违宪问题，而非专任机关又使它们不能集中时间和精力来专注于宪法监督工作。因此，全国人大及其常委会的宪法监督作用并没有得到充分的发挥。

(二)程序缺乏可操作性。西方国家宪法监督出现较早，经过长期的实践，他们在程序方面已形成了一整套可供操作的系统。包括美法德在内，其违宪案件的审理程序、宪法监督程序都相对完备。我国宪法监督采取事前监督和事后监督相结合的方式，应该说有其优越性，但同时还应看到，现有的体制虽然规定全国人大及其常委会行使宪法监督权，也制定了监督法，但操作性仍不强：

1.监督时间不够。我国的宪法监督主体是全国人大及其常委会，而全国人大一年才开一次会，全国人大常委会每两个月才开一次会，时间上很难保证宪法监督经常化。

2.没有具体的审查程序。我国宪法监督既没有规定在什么情况、什么期限里、通过什么形式、向什么机构提出申请，也没有规定这些机构是通过什么方式，在多长的期限里作出审查决定。

3.我国立法中没有最高法院行使宪法监督权的规定。由此可见，我国的宪法监督不能完全适应宪法监督工作的专业性、技术性、连续性、时效性的要求。

(三)监督范围狭窄。西方国家在长期的政治实践中，对宪法监督范围已有了比较完善的规定，包括对基本权利的丧失、法律法规的审查、选举审查、法官及司法人员执法行为的审查等等在内，都已经做了比较详尽的规定。而按照我国宪法和相关法律的规定，宪法监督则主要是对法律、行政法规、地方性法规、规章以及一定级别的决议、指示和命令等规范性文件进行审查。而对于有关行为包括对行为违宪主体的表现形式如何监督，以及国家参加的国际条约与宪法发生冲突时采用的原则等等，并无明确的法律法规依据。这样就会发现我国的宪法监督范围相对来说还是非常有限的。另外，全国人大常委会对行政机关制定法规条例向其备案的文件的监督处于无法可依、无章可循的状态，尽管在司法实践中，国家行政机关制定的法律法规都要向全国人大常委会备案，但是对于这些报备的文件，现在看来，并没有系统的明确的监督方式。

(四)违宪审查机制不够健全。在我国现行宪政框架下，宪法监督实际上是通过立法机关来实现的，而在立法机关审查制下，法律的合宪性主要是通过立法机关对法律的立、改、废来保证的。这样的话，违宪审查很容易陷入走形式应付场面的尴尬局面。全国人大及其常委会监督宪法的实施，实际上只对行政法规、地方性法规等规范性文件进行合宪性审查，并不包括全国人大及其常委会本身所制定的法律。在当今世界宪法监督制度的发展与完善中，法律的合宪性其实已成为宪法监督的一项重要内容。包括我国现行宪法也明确规定：一切法律、行政法规和地方性法规都不得与宪法相抵触。但在我国，大量的立法工作是由全国人大及其常委会承担的，而由其来裁决自己通过的法律违反宪法，显然是不现实的。所以从严格意义上讲，我国的违宪审查制度根本不具有制裁性，尤其在追究违宪者的违宪责任、罢免违宪者的职务上，几乎形同虚设，可以说到目前为止，我国还没有一例罢免违宪责任者职务的案件，但这并不代表我国至今没有发生过违宪的案件。此种现象出现的根本原因在于我国的宪法监督缺乏惩罚性，即违宪审查机制的缺失性，这也使得至高无上的宪法无法适用于现实生活中的具体个案。