一、检察院：先确认后赔偿

根据《人民检察院刑事赔偿工作规定》第七条第二款，“但是对人民检察院因证据不足作出撤销案件决定书、不起诉决定书或者人民法院因证据不足作出已经发生法律效力的刑事判决书、裁定书申请赔偿的，人民检察院的逮捕、拘留决定有无违法侵犯人身权情形，应当依法进行确认。”因证据不足不起诉而申请国家赔偿的，必须依法对逮捕、拘留决定有无违法侵犯人身权情形依法进行确认，而不能直接进入赔偿程序。采用了先确认后赔偿的程序。

根据《人民检察院刑事赔偿工作规定》第七条，“证据不足的撤销案件、不起诉案件或者判决无罪的案件，应当由人民检察院分别下列情形对检察机关作出的逮捕、拘留决定有无侵犯人身权情形依法进行确认；(一)对不能证明有犯罪事实或者不能证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留的，予以确认；(二)对不能证明有犯罪事实的人错误逮捕的，予以确认；(三)对有证据证明有部分犯罪事实的人拘留、逮捕，或者有证据证明有犯罪重大嫌疑的人拘留的，不予确认。”该条对不予确认的情形作做了列举性，根据相反解释方法，除了上述情形，都属于违法侵权情形，检察机关应该予以确认。有两点特别值得注意：1、拘留包括的是“不能证明有犯罪事实或者不能证明有犯罪重大嫌疑的”，而逮捕仅包括“不能证明有犯罪事实的”，两者包含的情形不一样；2、判断逮捕是否属于违法侵权情形，不是根据是否符合刑事诉讼法中关于逮捕的条件，而是根据最终是否能证明有犯罪事实，采用了结果认定，这样更好的保护了被不起诉人的利益。

在违法侵权情形得到确认之后，案件才可能进入国家赔偿程序，在不具备《国家赔偿法》不予以赔偿的情形时，赔偿请求人将依法有权获得国家赔偿。

二、法院：直接进入赔偿程序

根据《最高人民法院关于人民法院赔偿委员会审理赔偿案件程序的暂行规定》第三条第一款第一项“经依法确认有赔偿法第十五条、第十六条规定情形的法律文书，包括：人民法院一审宣告无罪并已发生法律效力的刑事判决书、人民法院二审宣告无罪的刑事判决书、人民法院依照审判监督程序再审宣告无罪的刑事判决书、人民检察院不起诉决定书或者公安机关释放证明书”，检察院不起书决定书即是对违法侵权情形的确认，赔偿请求人向法院申请后，可以直接进入赔偿程序，而不存在所谓的确认程序，也不存在违法侵权情形确认是否正确的审查。在不具备《国家赔偿法》不予以赔偿的情形时，赔偿请求人将依法有权获得国家赔偿。

从合法性考考虑，被不起诉人是否有犯罪事实应该用“是否有足够的证据来证明”判断，这是一个可行的操作方法，证据不足不起诉是在法律上对被不起诉人无罪的确认，证据不足不起诉即应是对被不起诉人先前遭受的逮捕属于违法侵权情形的确认。对于没有犯罪事实的人错误逮捕的，依据《国家赔偿法》第十五条第一款第(二)项，受害人即可以有权利获得赔偿。从合理性考虑，检察院是赔偿义务机关，检察院所谓的重新认定，容易给检察院逃避赔偿责任提供了更大的可能性，受害人的利益无法保障。程序操作上看，检察院不确认，受害人可以向上级检察机关申诉，即使上级检察机关维持不确认决定，受害人依然可以向法院申请，在法院处理阶段不起诉决定书相关司法解释是违法侵权情形的确认书，之前检察院的不确认不影响法院对案件的处理，只要不存在国家不赔偿的情形，法院即认为受害人有权赔偿，检察院的确认程序实际是增加受害人的诉累。