当前，债权凭证制度作为执行工作方式方法改革的一项新成果，在实践中存在以下不足：

首先，法院向申请人发放债权凭证缺乏法律依据。民事执行的一个基本原则是执行程序与执行措施法定性原则，即执行机构必须严格依照法律规定的程序实施执行，必须从法律规定的执行措施中选择执行方法与手段，不能超越法律规定的程序实施执行，不能采取法律没有规定的措施实现债权人的债权。目前，我国及相关法律与司法解释均没有规定执行机构或人民法院有权向债权人颁发“债权凭证”以终结执行程序，同时，从民事诉讼法的规定来看，债务人没有财产可供执行并不是中止或终结执行的法定事由，最高人民法院《关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》，也只是将“债务人确无财产可供执行”作为中止执行的事由，而不是将其作为终结执行的事由。此外，根据现行法律与司法解释的规定，人民法院一旦裁定终结执行，执行程序就不能启动恢复，而“债权凭证”可以作为执行根据再申请恢复执行，显然与现行法律的规定相冲突。因此，当债务人确无财产可供执行时，执行机构或人民法院向债权人颁发“债权凭证”并因此终结执行程序的做法是没有法律依据的，有违执行程序与执行措施的法定性原则。

其次，各地法院对债权凭证制度的规定不统一，可操作性不强。目前，已实行债权凭证制度的法院基于不同的理解，对债权凭证制度的适用范围、条件、程序、期限等问题规定不尽一致，某些方面还存在冲突，致使各地法院在实施该制度中不能统一。再者，各地法院关于债权凭证制度规定的都比较原则，尤其是没有具体规定依债权凭证申请执行的程序，造成了在执行实践中难以操作，也不易于法院内部工作管理。

再次，发放债权凭证的程序过于复杂。法院的强制执行程序与实体审判程序相比不同点，就是案件纠纷已是相对确定，享有债权一方当事人主张权利已经有了法律依据。但发放债权凭证不但要经申请人申请、合议庭合议，而且债权凭证发放后，还要由专人管理，设立债权凭证档案，一起简单的债权债务纠纷案件，在审判程序只要独任审判员一人审理即可作出裁判，而债权凭证的发放程序却要如此繁琐。这在本来就繁重的执行工作中，又要投入大量的人力、物力、财力再去确认已经由生效的裁判文书已确认的债权，其结果不仅不能保证最佳的执行效果的实现，反而增加法院不必要的开支，浪费人力资源。