刑事案件中超期羁押的处理方式为：

《刑事诉讼法》第九十八条

犯罪嫌疑人、被告人被羁押的案件，不能在本法规定的侦查羁押、审查起诉、一审、二审期限内办结的，对犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放；需要继续查证、审理的，对犯罪嫌疑人、被告人可以取保候审或者监视居住。

第九十九条

人民法院、人民检察院或者公安机关对被采取强制措施法定期限届满的犯罪嫌疑人、被告人，应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施法定期限届满的，有权要求解除强制措施。

一、刑事案件超期羁押办案人怎么处理

（一）犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者犯罪嫌疑人、被告人委托的律师及其他辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施超过法定期限的，有权要求解除强制措施。

（二）人民法院、人民检察院或者公安机关对于被采取强制措施超过法定期限的犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放、解除取保候审、监视居住或者依法变更强制措施。

对超期羁押而言，主要是指逮捕后超期羁押，当然也有刑事拘留后的。应当区别情况：

1、予以释放；

2、依法变更强制措施，改逮捕为取保候审或监视居住。

（三）对超期羁押的案件而言，司法机关一直以来，特别是近几年来，十分强调不得超期羁押，但对具体的承办人并没有什么强有力的措施，这主要是因为：目前我们司法机关办案并不是承办人在独立办案，而是整个司法机关在独立办案，超期羁押的发生不是一个人的责任，是整个单位的责任。在这种情况下，到底该处理谁呢？

（四）对犯罪嫌疑人或被告人而言，则要根据不同的情况，或申请国家赔偿或折抵刑期，也有可能不了了之。

就目前而言，对司法机关来说，还是自我约束的层面，禁止超期羁押并没有上升到法律法规的层面来强制执行。

有的单位在案件法定办理期限届满前，按照不同案件的类型，办案人员会提前1到7天收到‘预警通知书’。同时进一步规范退回补充侦查，制定《通知侦查机关提供法庭审判所需证据材料意见书》，通知侦查机关在公诉审查期限内补强证据，以减少退回补充侦查的次数，防止变相延长嫌疑人的羁押期限。

有的单位要求各业务部门内勤建立案件办理台账，加强对案件流程的监控和预警，对即将到期尚未办结的案件，由内勤制发催办函，督促承办人员按期办结。同时要求案件管理中心对内积极发挥对业务部门办案流程的动态监控职能，着重做好办案期限预警通知工作和个案办理“程序回头看”督察工作，建立办案期限预警台账，在案件法定办理期限届满前，针对审查逮捕案件提前1天，针对审查起诉案件提前3天，针对自侦案件提前7天，向承办人发出“预警通知书”，提示办案人员在期限内审结；对外把好案件入口关，发现公安机关移送案件出现超期羁押等程序违法的情形，在案件流转同时向业务部门发出《应予纠正程序违法提示函》，督促业务部门第一时间纠正侦查机关的违法行为。

二、犯罪嫌疑人被超期羁押能取保吗？

犯罪嫌疑人被超期羁押，是可以取保的，只要符合条件就可以批准。取保候审，是指侦查机关责令犯罪嫌疑人提供担保人或交纳保证金并出具保证书，保证其不逃避或妨碍侦查，并随传随到的一种强制措施。它通常对犯罪较轻，不需要拘留、逮捕，但需要对其行动自由作一定限制的犯罪嫌疑人采用。

《中华人民共和国刑事诉讼法》规定的一种刑事强制措施。它是指在刑事诉讼中公安机关、人民检察院和人民法院等司法机关对未被逮捕或逮捕后需要变更强制措施的犯罪嫌疑人、被告人，为防止其逃避侦查、起诉和审判，责令其提出保证人或者交纳保证金，并出具保证书，保证随传随到，对其不予羁押或暂时解除其羁押的一种强制措施。由公安机关执行。客观地说，犯罪嫌疑人被羁押后，最应当考虑和最值得花费时间和精力的行为即为代为取保候审。