依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十七条的规定，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。因此，运输合同纠纷是可以约定管辖法院的，但只能在运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院之间约定一个管辖法院。

一、约定管辖协议必须符合的条件

（1）当事人协议管辖的案件，包括合同或者其他财产权益纠纷。

（2）当事人协议选择管辖法院的范围，包括可以选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。如果当事人选择了与合同没有实际联系地点的人民法院，该协议无效。合同签订地是指合同双方在书面合同上签字和盖章的地点。例如，广东某厂与黑龙江某厂在北京签订购销合同，北京为合同签订地。标的物所在地是指标的物存放的地点。例如，上海某厂与大同某厂签订的购销合同，合同约定履行地为大同火车站，货物由上海装船运至秦皇岛港时发生纠纷，因货物在秦皇岛港，秦皇岛港为标的物所在地。

（3）必须以书面协议选择管辖，包括书面协议可以采取合同书的形式，包括书面合同中的协议管辖条款，也可以采取信件和数据电文（包括电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件）等可以有形地表现当事人双方协议选择管辖法院意思表示的形式。或者是诉讼前双方当事人达成的管辖协议，口头协议无效。

（4）当事人必须进行确定的、单一的选择。当事人必须在上述五个法院中选择其一。

（5）协议管辖不得违反民事诉讼法关于级别管辖和专属管辖的规定。

二、合同纠纷案件如何确定管辖权

1、因合同纠纷提起的诉讼，如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。

2、购销合同的双方当事人在合同中对交货地点有约定的，以约定的交货地点为合同履行地；没有约定的，依交货方式确定合同履行地：采用送货方式的，以货物送达地为合同履行地；采用自提方式的，以提货地为合同履行地；代办托运或按木材、煤炭送货办法送货的，以货物发运地为合同履行地。

3、加工承揽合同，以加工行为地为合同履行地，但合同中对履行地有约定的除外。

4、财产租赁合同、融资租赁合同以租赁物使用地为合同履行地，但合同中对履行地有约定的除外。

5、补偿贸易合同，以接受投资一方主要义务履行地为合同履行地。

6、民事诉讼法第二十五条规定的书面合同中的协议，是指合同中的协议管辖条款或者诉讼前达成的选择管辖的协议。

7、合同的双方当事人选择管辖的协议不明确或者选择民事诉讼法第二十五条规定的人民法院中的两个以上人民法院管辖的，选择管辖的协议无效，依照民事诉讼法第二十四条的规定确定管辖。

8、因保险合同纠纷提起的诉讼，如果保险标的物是运输工具或者运输中的货物，由被告住所地或者运输工具登记注册地、运输目的地、保险事故发生地的人民法院管辖。

9、因产品质量不合格造成他人财产、人身损害提起的诉讼，产品制造地、产品销售地、侵权行为地和被告住所地的人民法院都有管辖权。

10、铁路运输合同纠纷及与铁路运输有关的侵权纠纷，由铁路运输法院管辖。所地人民法院管辖。