企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。股份出让人与受让人之间签订了股权转让协议；并经股东会通过即发生转让效力。股份转让金的转让应作为实质性要件，如系股东与公司之间的争议，则依据股东名册的变更；如系股东之间的争议，则依据公司章程的变更；如系第三人的争议，则依据工商登记的变更。在形式化证据与实质性发生冲突时，应坚持形式化证据优先的原则。

股权转让收入明显偏低的正当理由有哪些？

并不是所有的平价股权转让，税务机关都会对其进行核定。如果纳税人有正当理由进行平价股权转让，在向主管税务机关办理股权转让纳税申报时，报送计税依据明显偏低但有正当理由的证明材料，税务机关会认可其申报的股权转让计税基础。目前，我国税法针对个人股东股权转让收入明显偏低，规定了四种例外情形。

《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）第十三条规定，符合下列条件之一的个人股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：

（一）三代以内直系亲属间转让

继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人。

证明时应提供结婚证、户籍证明、户口本或公安机关出具的其他证明资料原件及复印件，或能够证明赡养、抚养关系的民政部门出具的相关证明资料的原件及复印件。

（二）部分限制性的股权转让

相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让。

证明时应提供相关法律、政府文件或企业章程，内部转让协议等。

（三）受合理的外部因素影响导致低价转让

能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权。

证明时应提供相关政策依据，包括文件名称、文号、主要内容等。

（四）股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。

虽然税法规定了可以较低价格转让股权的几种情形，但在实际操作中肯定还会有税务机关认定不统一、执行不一致的地方。因此，交易双方在适用上述“正当理由”时，应与当地的税务机关做好沟通，以免产生不必要的纳税争议。

《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》

第三条，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。