不生效，如果是补充协议作废的情况下，原合同有可能是有效的，对于补充协议的相关条款存在异议的，由双方协商作废的情况下，应当对原合同也进行认定，应当由双方协商对原合同的协力进行合法的认定，具体情况结合实际而定。

一般情况下都写这么一条“本合同未尽事宜经双方协商一致签订补充协议，与本合同具有同等法律效力。”如果原协议没有特别约定，经双方协商一致签订的补充协议就与原协议具有同等的法律效力，其实实际操作上，“补充协议”的效力往往高于原合同。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应当以时间在后的约定条款为准执行。如果以原合同为准，则失去了补充合同存在的意义。

主合同与补充合同一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。

严格而言，合同补充协议是对原合同未尽事宜，或者合同履行过程新发生的情况而另外进行的约定。与合同的变更协议不同，但实务中订立的以“补充协议”为名的协议，其实质内容却常是合同的补充并有变更。

因此，在签订时要特别注意以下三个问题：

1、补充协议的当事人应当与原合同当事人严格一致;

2、补充协议的形式应当与原合同一样完备;

3、严格防止与原合同发生内容矛盾。

补充协议作废的情况下，原合同有可能是有效的，补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议。合同补充协议的拟定需要注意几个必备信息：一是双方当事人的基本信息需全面具体;二是说明拟定补充协议的原因;三是协议补充的内容或变更的内容。