1、犯罪客体不同。

交通肇事罪侵犯的客体，是交通运输的安全。以危险方法危害公共安全罪，侵犯的客体是社会公共安全，即不特定多数人的生命、健康或者大量公私财产的安全。

2、客观方面的要求不同。

交通肇事罪要求违反交通运输管理法规，并且发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的行为。以危险方法危害公共安全罪在客观方面表现为以其他危险方法危害公共安全的行为。从司法实践来看，以危险方法危害公共安全的犯罪主要表现为：

(1)以私设电网的危险方法危害公共安全;

(2)以驾车撞人的危险方法危害公共安全;

(3)以制、输坏血和病毒血的危害方法危害公共安全罪;

(4)以向人群开枪的危险方法危害公共安全等。

3、主观方面的故意不同。

交通肇事罪的主观方面表现为过失，属于过失犯罪;以危险方法危害公共安全在主观方面表现为故意，属于故意犯罪。

在实践中，交通肇事罪主观方面表现为过失，它包括疏忽大意的过失和过于自信的过失。行为人在违反规章制度上可能是明知故犯，如酒后驾车、强行超车、超速行驶等，但对自己的违章行为可能发生重大事故，造成严重后果，应当预见而因疏忽大意没有预见，或者虽已预见但轻信能够避免，以致造成了严重后果。

以危险方法危害公共安全罪在主观方面表现为犯罪的故意，即行为人明知其行为会危害公共安全，会发生危及不特定多数人的生命、健康或公私财产安全的严重后果，并且希望或者放任这种结果发生。在实践中，这种案件除少数对危害公共安全的后果持希望态度，由直接故意构成外，大多数都是行为人持放任态度，属于间接故意。

4、主体方面。

二罪的主体完全相同。都为一般主体，即必须是达到法定刑事责任年龄，具有刑事责任能力的自然人。

5、犯罪后果的要求不同。

交通肇事罪要求有严重危害结果的发生，属于结果犯;以危险方法危害公共安全罪的定罪要求低，只要是行为人所使用的危险方法足以危及到公共安全，即使没有发生严重后果，也可构成本罪，属于危险犯。在实践中，交通肇事罪要求发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失：

(1)死亡一人或者重伤三人以上，负事故全部或者主要责任的;

(2)死亡三人以上，负事故同等责任的;

(3)造成公共财产或者他人财产直接损失，负事故全部或者主要责任，无能力赔偿数额在三十万元以上的;或者交通肇事致一人以上重伤，负事故全部或者主要责任。

以危险方法危害公共安全罪并不要求以发生严重危害后果作为犯罪成立的要件，只要是行为人所使用的危险方法足以危及到公共安全即可构成本罪。

6、处罚不同。

交通肇事罪的最高刑为有期徒刑：犯交通肇事罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役;交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。

以危险方法危害公共安全罪处罚最高刑为死刑：以危险方法危害公共安全，尚未造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑;犯本罪致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。