一、在建工程转让契税税率

根据《财政部国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）第二条第七项规定，单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：

1.转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中“转让土地使用权”项目征收营业税。

2.转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按“销售不动产”税目征收营业税。在建项目是指立项建设但尚未完工的房地产项目或其他建设项目。该文件第三条第二十项规定，单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。

二、在建工程转让税费由谁交

1、营业税：由转让方缴纳。如果已经完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，尚未转入施工阶段的在建项目，按"转让无形资产"税目中的"转让土地使用权"，依5%缴纳营业税。如果已经转入建筑物施工阶段，按"销售不动产"税目依5%缴纳营业税（同时缴纳城建税、教育费附加、防洪费和地方教育附加）。

2、企业所得税：在建工程出售视同企业财产销售，应一并计算缴纳企业所得税。

3、印花税：签订合同双方各按合同所载金额的万分之五缴纳印花税。

三、在建工程转让的土地增值税问题

根据《国家税务总局关于印发的通知》（国税函发[1995]110号）在具体计算增值额时，区分以下几种情况进行处理：

1、对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款，交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。

2、对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20％以及在转让环节缴纳的税金。

3、对取得土地使用权后进行房地产开发建造的，在计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款和有关费用、开发土地和新建房及配套设施的成本和规定的费用、转让房地产有关的税金，并允许加计20%的扣除。由于土地增值税计算业务复杂性，企业需要提交相关详细资料到主管税务机关进行判断。