2004年3月20日，甲公司和乙公司达成协议，将甲公司在某省会城市的一处房地产转让给乙公司，房地产的账面价值为5000万元(假设土地增值税的扣除项目金额为6000万元)，转让价为10000万元，根据现行税法规定甲公司应缴纳的各税如下(不考虑企业所得税)：

1.应缴纳营业税及附加合计为(10000-5000)×5.5%=275万元;

2.应缴纳的印花税(税目为产权转移书据)为10000×0.5‰=5万元;

3.应缴纳的土地增值税为：增值额超出扣除项目金额的比率为(10000-6000)/6000=66.67%.应缴纳的土地增值税：4000×40%-6000×5%=1300万元。

以上甲公司共应缴纳税款为1580万元。

乙公司应缴纳契税(税率按3%计算)为10000×3%=300万元。

如根据现行税法规定进行筹划，甲公司将该处房产作为投资和自己的股东公司丙合资成立丁公司，丙公司以较少的资金入股，甲公司绝对控股。然后甲公司将自己在丙公司的全部股权以10000万元的价格转让给乙公司，和上面的例子相同的是乙公司得到了自己想要的房地产，但这次房地产交易的纳税结果却大相径庭，甲公司、丙公司和丁公司应缴纳的税金为：

1.营业税及附加。根据财政部、国家税务总局《关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)，以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。对股权转让也不征收营业税。所以，甲公司、丙公司和丁公司应缴纳的营业税及附加为0.

2.印花税。根据财政部、国家税务总局《关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》(财税[2003]183号)，实行公司制改造的企业在改制过程中成立的新企业(重新办理法人登记的)，其新启用的资金账簿记载的资金或因企业建立资本纽带关系而增加的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花。企业因改制签订的产权转移书据免予贴花。

公司制改造包括国有企业依《公司法》整体改造成国有独资有限责任公司;企业通过增资扩股或者转让部分产权，实现他人对企业的参股，将企业改造成有限责任公司或股份有限公司;企业以其部分财产和相应债务与他人组建新公司;企业将债务留在原企业，而以其优质财产与他人组建的新公司。因此，丁公司的组建符合公司制改造的规定。所以，甲公司、丙公司和丁公司应缴纳的印花税也为0.

3.土地增值税。根据财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税[1995]48号)，对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税，由于再次转让并未发生增值，故丁公司不需要缴纳土地增值税。所以，甲公司、丙公司和丁公司应缴纳的土地增值税仍然为0.

另外，根据财政部、国家税务总局《关于企业改制重组若干契税政策的通知》(财税[2003]184号)，企业依照法律规定、合同约定分设为两个或两个以上投资主体相同的企业，对派生方、新设方承受原企业土地、房屋权属，不征收契税。在股权转让中，单位、个人承受企业股权，企业土地、房屋权属不发生转移，不征收契税。因此，乙公司、丁公司也不需要缴纳契税。