常见的存在隐患的建设工程施工合同附加条款主要有工程最终造价的确定问题、工程竣工验收与结算款的支付问题和、三边项目工程量的确认及工程款的支付这三个方面。从建设部建筑工程施工合同示范文本看，在通用条款中有关建筑工程施工合同付款条件的约定是十分清楚的，其明确约定了预付款、进度款及竣工结算款。

1、工程最终造价的确定问题

工程欠款一个突出问题，是建设工程竣工结算难，确定工程最终造价更难。付款没有依据已成为建设单位拖欠工程款的众口一词的理由。所谓没有依据，是指工程造价决算未能审定。一项工程从竣工交付使用起，一年、二年甚至更长时间未能结清工程款的比比皆是，一个最为主要的原因就是不能及时确定工程最终造价。如果委托审价部门进行审价，往往又是遥遥无期。在目前立法对有关审价期限、内容、依据没有明确规定的情况下，作为建筑工程施工企业，在制订合同文本时，对工程竣工结算、工程未支付等重要条款时，尽可能制订完备，用语明确具体，文字严密准确，最终达到维护当事人合法权益，避免最终价款难以确定。

2、工程竣工验收与结算款的支付问题

在建筑工程施工合同工程款支付中，往往是在工程完全竣工结束后，总包拿到工程尾款，但问题是有些工程时间跨度很长，最后的竣工验收往往由于一些小工程而不能如期进行，在平行发包的情况下，往往会由于个别承包人不能顺利完工而不能竣工验收，也会存在业主以各种形式故意拖延工期，而最后的竣工验收不能正常如期进行，这样承包商最后的尾款拖起来就遥遥无期。笔者就办过这样一个案子，在苏州某开发商在房子预售不佳的情况下，开发商将自己作的一部分工程迟迟不完工，工程无法进行竣工验收。而作为总包，两年过去也不能拿到最后几百万元的尾款，总包翻翻合同，清清楚楚，全部工程竣工验收后，支付尾款。避免这一问题根本作法是将工程尾款的支付与中间验收与单体工程验收挂钩，而不能与全部工程竣工验收挂钩。

3、三边项目工程量的确认及工程款的支付

针对建设工程三边状况以及合同造价失控的现状，作为承包商的对策是在设定承发包合同时增加工程造价过程控制的内容，按工程形象进度分阶段进行预算并确定相应的操作程序，使承发包合同签约时不确定的工程造价，在合同履行过程中按约定的程序得以确定，从而避免可能出现的造价纠纷。在造价过程控制中可以增加一些特别约定，比如说约定发包方按工程形象进度分阶段提供施工图的期限和发包方组织分阶段图纸会审的期限，约定承包方收到分阶段施工图后提供相应工程预算是以及发包方批复分阶段预算的期限，约定发包方拨付承包方各分阶段预算工程款的比例，以及备料款、进度款、工程量增减和设计变更签证、新型特殊材料差价的分阶段结算方法等等。