申请工伤认定工厂不同意，可以以下方式进行工伤认定：

一、工伤职工或者其近亲属可以在事故发生之日或者职业病诊断鉴定之日起一年内，向工伤事故发生地社会保险行政部门申请工伤鉴定；

二、用人单位、受伤职工或者其近亲属申请工伤认定的，除填写工伤认定申请外，还应当提交下列材料：

1、提交劳动、劳动合同文本复印件或与用人单位有劳动关系、人事关系的其他证明材料；

2、医疗机构出具的伤后诊断证明、职业病诊断证明、职业病诊断鉴定证明。工伤职工或者其近亲属应当按照上述程序准备上述材料，及时向工伤认定部门申请认定，最后根据工伤认定结论进行下一步的权利保护程序。

工伤认定申请流程

1、用人单位申请工伤认定的一个月期限

《工伤保险条例》第17条规定，用人单位应当在事故发生之日或者诊断鉴定为职业病之日起30日内提请工伤认定，如未及时申请的在此期间发生的费用由用人单位负担。这就要求用人单位申请工伤必须及时，如果超过一个月未申请的，则一个月期满至申请之日发生的费用，主要是医疗费、陪护费、食宿费均由用人单位负担，工伤保险基金不予报销。

2、工伤责任主体的选择

一般来说承担工伤主体责任的都是职工劳动关系所在单位，但是需要注意特殊情况下工伤主体责任的转移。依据最高院《关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第3条“职工和两个或两个以上单位建立劳动关系的，由事故发生时工作的的单位承担责任”、“劳务派遣员工在用工单位发生工伤事故的，劳务派遣单位承担责任”、“指派到其他单位工作发生事故的，指派单位承担责任”、“用工单位非法转包给无用工主体资格的组织或自然人的，用工单位承担责任”、“个人挂靠经营的，个人聘用人员发生事故，挂靠单位承担责任”。

3、工伤事实举证责任倒置

工伤认定中有两类事实需要加以证明，一是劳动关系归属或者其责任主体归属证明，这类事实一般需要申请人加以证明，其举证责任在申请人一方；二是工伤事实的举证责任。对工伤事实的证明依据《工伤认定办法》第17条，由用人单位负担举证责任，用人单位不举证，则会根据职工和工伤部门调查的证据予以认定。

4、工伤认定的时限

工伤认定时限是一个容易被忽视的要素，《工伤保险条例》第17条规定了一年的认定时效，自事故发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起。同时一年时效也不适用时效中断、中止，是一个固定的时间段。这就提醒用人单位或职工要及时申报工伤，以免因超过一年时效丧失工伤认定的机会。

《工伤保险条例》第十七条职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。

用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。

用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。