股权转让与土地使用权转让特质的不同，使二者在实际操作中存在着一系列差异。

区别一：构成要件不同

转让主体、转让标的和转让条件均不同。在土地使用权转让中，转让的标的是实体资产，即土地使用权，转让的主体是土地使用权人，即公司法人或自然人，而不是股东。因此构成土地使用权转让行为应具备两个条件：一是土地使用权发生了转移，即在原来合法使用基础上的再次转移;二是土地使用权转移行为存在于两个民事主体——土地使用权人之间，即转让方、受让方必须在同一时点同时存在。在这种方式下，转让双方直接以合同方式约定土地使用权买断性转移的权利和义务，转移后转让方不再享有土地使用权。

股权转让，分为股东之间的转让和向股东以外的人转让。在股权转让中，转让标的是虚拟资本，即股东登记依法所享有的公司股份、股东权利和股东责任，而不仅仅是公司出资人的出资额，更不是其曾拥有的包括土地使用权在内的公司某项现实财产。股权转让主体是拥有公司股权的股东或出资人，而不是公司本身。股权转让主体之间的关系表现为公司股东之间与股东和其他第三人之间的关系。因此，构成股权转让行为应具备两个条件：一是公司股权发生了转移，在股权转移中股东构成发生变动;二是股权转移行为发生在一个民事主体即公司法人内部。

区别二：转让条件不同

以出让土地使用权为例，《城市房地产管理法》第三十九条规定，以出让方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当符合下列条件：(一)按照出让合同约定已经支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书;(二)按照出让合同约定进行投资开发，属于房屋建设工程的，完成开发投资总额的百分之二十五以上，属于成片开发土地的，形成工业用地或者其他建设用地条件。转让房地产时房屋已经建成的，还应当持有房屋所有权证书。因此，对于土地使用权转让而言，有三项限制条件：已支付全部土地出让金;已取得土地使用权证;开发已完成一定的工作量。

根据受让人的不同，股权转让分为内部转让和外部转让，内部转让即股东之间的转让，外部转让是指股东将自己的股份全部或部分转让给股东以外的第三人。就内部转让而言，因为股东之间股权的转让只会影响内部股东出资比例即权利的大小，对重视人合因素的有限责任公司来讲，其存在基础即股东之间的相互信任没有发生变化。所以，对内部转让的实质要件的规定不太严格，通常可以自由转让，或由公司章程对股东之间转让股权附加其他条件。但对外部转让来说，由于有限责任公司具有人合属性，股东的个人信用及相互关系直接影响到公司的风格甚至信誉，所以各国公司法对有限责任公司股东向公司外第三人转让股权，多有限制性规定。

区别三：登记部门不同

土地使用权发生转让的，双方当事人应依法申请办理变更土地登记。有限责任公司股权发生转让的，无需办理变更土地登记。如果认为股权发生转让就必须办理变更土地登记，那么，只要上市公司的股权因股票的买进卖出而发生变动，国土资源主管部门就要根据千变万化的股市来实时进行土地登记，这显然是不可行的。

区别四：发生税费不同

土地使用权转让时，发生的税费有营业税、土地增值税、所得税、印花税、契税等。股权转让时，从税收上看，现阶段主要涉及企业所得税或个人所得税等。从表面来看，似乎股权转让的税负明显低于土地使用权转让，可以规避土地增值税等。但深入分析，由于股权转让不涉及拥有土地使用权的公司法人变更，土地使用权未发生转移，而大多数公司特别是房地产开发企业并不以拥有土地为目的，开发建设后一般要转让或分割转让房地产，此时，该公司必须缴纳土地增值税、印花税、营业税等，并且是以最终土地转让价格与原取得土地的价格差额计算土地增值，以此计征土地增值税，该公司并不能真正规避土地增值税，从国家角度看，也并未流失税收收入。

区别五：适用法律不同

股权转让与土地使用权转让由不同的法律所调整。土地使用权转让受《土地管理法》、《城市房地产管理法》、《民法典》、《土地管理法实施条例》等一系列与土地使用权转让有关的法律法规所调整。这些法律、法规明确规定了土地使用权转让的概念、转让方式及转让条件。而股权转让则适用《公司法》、《证券法》等一系列有关法规。