用人单位在对工伤认定书中的劳动关系存在异议时，协商不成的前提下应当向劳动仲裁委员会申请仲裁。对于已经作出了工伤结论认定后，用人单位提出对劳动关系存在争议时如何处理，关键点是要厘清劳动关系与工伤认定之间的关系。

工伤认定劳动仲裁如何管辖

工伤认定须向统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。在生产经营地进行工伤认定。该两者分别规定了工伤认定的级别管辖和地域管辖原则。工伤保险基金在设区的市实行全市统筹，并实行省级调剂金制度。因此，工伤认定一般向生产经营地的市级工伤认定部门申请。而根据《企业劳动争议处理条例》第十八条，劳动关系争议的仲裁，由职工当事人工资所在地县级仲裁委员会处理。这样，同一工伤认定案件，如果对劳动关系申请仲裁，则工伤认定与劳动仲裁不论在级别还是地域管辖上都可能存在冲突，两者往往由不同的部门作出。为了方便相对人，可以规定由工伤认定部门所在劳动社会保障部门的仲裁机构，或所在辖区的县级仲裁机构进行仲裁；在相对人不申请仲裁时，可由工伤认定部门向所在劳动社会保障部门的仲裁机构委托出具意见书。

通过上述分析，我们认为，工伤认定部门对劳动关系可进行形式审查，但不能认为申请材料无法证明劳动关系的存在而不予受理。工伤认定部门可以对劳动关系的存否进行调查核实，并在行政行为的事实认定中予以体现。相对人不服的，可以以事实认定不清为由提起行政诉讼。

工伤认定程序中，劳动关系争议已经仲裁裁决的，工伤认定应以裁决为基础；工伤认定中当事人未申请仲裁的，应告知当事人有权申请仲裁，被受理后工伤认定中止，待裁决作出后恢复认定程序；如果在工伤认定中，当事人经告知后不申请仲裁的，可委托仲裁机构出具意见，之后当事人不得就劳动关系的存否再申请仲裁，也不得对该仲裁机构的意见提起民事诉讼。相对人不申请仲裁的，不影响工伤认定程序的进行，劳动关系仲裁并非工伤认定的前置程序。

《中华人民共和国社会保险法》

第三十六条职工因工作原因受到事故伤害或者患职业病，且经工伤认定的，享受工伤保险待遇；其中，经劳动能力鉴定丧失劳动能力的，享受伤残待遇。

工伤认定和劳动能力鉴定应当简捷、方便。

第三十七条职工因下列情形之一导致本人在工作中伤亡的，不认定为工伤：

（一）故意犯罪；

（二）醉酒或者吸毒；

（三）自残或者自杀；

（四）法律、行政法规规定的其他情形。